1610年5月11日的傍晚，利玛窦神父透过住宅的窗棂看见了一大片祥云倏忽在眼前一晃而过。那一天是一个阴郁的日子，天一直灰蒙蒙的。事实上北京城内已经连续几天都处在风雨欲来的蒸热之中了，但如此灿烂的祥云从何而来，很难解释。神父那聪慧的、有异于常人的大脑，并不能解释刚才的惊鸿一瞥是真相还是幻觉，但一种不详之兆突然在心里涌现。他想起了中国人的一句老话——“回光返照”。神父相信，自己进入了弥留之际。
神父并不畏惧死亡。但他临死之前，还有几个心愿未了：他依然没法见到皇帝。事实上，很多人和他一样，都已经很多年没有见到皇帝了——大明朝的万历皇帝连续三十多年不上朝。在神父所熟知的历代欧洲君主和亚洲君主中，这都是绝无仅有的。神父很清楚，尽管通过他的努力，已经使中国的天主教徒达到了2000多名，天主教会在北京已经得到了正式承认。但在中国最高的统治者——皇帝心中，天主教依然属于异端，他并不能真正地理解天主教的本义和内涵，也没有给天主教徒更尊崇的地位和活动的空间。这与神父要把天主教在中国发扬光大的梦想相比，还有着很长的距离。
除了这个遗憾，神父还有一个不为人知的秘密积压在心底。这秘密他隐藏了二十多年，他想要在临死前把秘密告诉给应该知道的人，至于是否还要将这个秘密保存下去，由这个人来决定。
门外响起“当当”的钟声，这是一更天的钟声。外面已经趋于黑暗了。神父听着这熟悉的打更的声音，脑海中不禁浮现出了与皇帝第一次相见时的情形，那时他携带着自鸣钟来到紫禁城。与古老的更夫相比，自鸣钟应该是这个国家里最先进的计时工具了。就是因为这个最先进的计时工具，他第一次，也是最后一次见到了皇帝。传说中深不可测、至高无上的皇帝，其实不过是一个身材消瘦、面色苍白、言语乏味的中年人，尽管有着高贵的气质，但明显的营养不良和内向阴郁让他身上带有着一种颓靡、淫奢的气息。
他们毕恭毕敬地按中国人的礼仪向皇帝行叩拜礼。皇帝的脸上没有任何表情，不说话，也不动，脸白得有些瘆人。当太监喊话让他们平身，并把供品带过来时，皇帝看见了自鸣钟，眼睛里突然多了一些光芒。自鸣钟共有两座，一座是带有镀金铁制并有悬锤的大自鸣钟；一座是青铜镀金制的小自鸣钟。两座钟全部采用发条趋动，这也是它们第一次被中国人认识。
皇帝的眼中出现了难得的神采，给人的感觉是他马上就要从高高的、金色的龙椅上走下来，用手去抚摸这件新鲜玩意。但是他没有，他依然保持着懒懒的姿势，用低沉的声音轻轻地、近于呻吟般地说了一句：“留下来，给朕好生保管着。”
这微弱的、近于呻吟的声音，让利玛窦和他一心开创的事业有了重大的转机。这是那天皇帝说过的唯一的一句话。但这句话无疑胜过千言万语。从那天起，利玛窦在北京定居下来，他再不用东奔西跑，被人非议和驱赶，终于有一个良好的环境来推广他的教义了。天主教在中国的发源，也由此开始。
弥留之际，利玛窦神父的眼前不断浮现着十年前的那个情景。从那以后，他再也没有见过皇帝，但皇帝的脸庞却经常在他的梦中出现，把他惊醒。在他的祖国，他曾经见过罗马教皇、罗马学院的院长、罗马总督乃至尊贵的耶稣会会长甚至罗马国王本人，但他们身上的威严与气场却无法和这个羸弱的中年人相比。他的一句话，能够决定一个国家的命运，能够决定这个国家所有活着的人的命运。他像上帝，即使他不在，他的影响仍然处处存活着，每个人都在他的阴影里战战兢兢地活着。
皇帝，就是中国人活着的上帝。利玛窦很清楚，要在这个国家里宣扬他所信奉的那个上帝，必须要解决的问题就是要让这个在中国人心目中活着的上帝承认他的存在。
