改革调查之惑
就在毛泽东讲话发表后不久，吴敬琏就参与了1956年下半年到1957年上半年由国家经委牵头进行的经济体制改革前期调研。
这次全国性的体制调研工作，包括对机械、纺织、造纸等工业的调查，以及税务总局对税制改革方案的研讨，吴敬琏均参与其中。
在此次调研过程中，吴敬琏对中国经济管理体制中所存在的一些根本性缺陷，渐渐有了深切的认识。
他开始发现，片面依靠行政命令手段管理经济，而不充分发挥价值规律和经济杠杆作用，致使经济管理过分集中和僵硬，无法调动起生产单位和职工的积极性与创造性。
此时的吴敬琏，也开始对从苏联教科书中学到的经济学理论产生了质疑。
吴敬琏此时依旧深信社会主义“谋求社会公平”的主要理想和“公共占有和按劳分配”的基本制度所具有的正当性与优越性，但他对苏联那套经济管理制度能否在中国真正发挥作用、体现社会主义经济制度的优越性，则越来越有不同看法。
关于这段思想转变历程，后来在《我的经济观》中，吴敬琏曾这样回忆：
“眼看着'社会主义高潮'的来临，全民敲锣打鼓准备着'进入社会主义社会'，人们都在欢欣鼓舞企盼着在'较高历史阶段的生产关系，必然促进生产力更快更好地发展；社会主义的全面建立，一定会使国家建设一帆风顺、所向无前'。但经济实际运行情况却和苏联政治学教科书上光彩流丽的图画有着不小的区别。”
的确，理论与实际之间所存在的悖论，可谓触目惊心。他列举道：
“教科书上说，在社会主义公有制的条件下，由于有计划地按比例发展规律的作用，国民经济必然会无危机地高速发展。可实际情况却还是生产一时多了，一时少了，经常比例失调。仅在第一个五年计划（1953-1957）期间，就出现过两次大的波动。
“苏联理论说：'政治和道义上的完全一致，是社会主义社会发展的动力。'但在实际生活中，地区之间、部门之间、生产单位之间，以及各个社会集团之间的利益矛盾和冲突无处不在，有时候还会激化得相当严重。”①
吴敬琏试图通过理论探索，澄清他挥之不去的困惑。
当时他所选择的突破方向，是企业财务制度、价格机制的形成。
但当时“反右”运动已在全国范围内兴起，由于强大的政治思想压力阵阵袭来，吴敬琏不得不忍痛放弃了这种努力。
此时，全国掀起了一股“反右”运动和“批判南斯拉夫修正主义”的浪潮。在这股浪潮的压迫下，吴敬琏也只得怀着力求涤除“资产阶级知识分子”和“民主革命派”所具“原罪”的心情，努力说服自己：运用经济手段去管理经济，强调物质刺激和货币监督的原则，是一种资本主义或修正主义的危险思潮，在方向上根本错了，必须改弦易辙。
可不论吴敬琏如何谨慎小心，最终还是被卷进了巨大的政治浪潮之中。个人在狂澜奔涌的时代洪流中，只要一步踏错，就如汪洋里的小舢板一般，立刻迷失航向。
“向科学进军”
吴敬琏第一次被卷入“反右”运动，是缘于经济所的年轻学生与所领导之间，因对“向科学进军”号召形成不同的理解而引发的强烈冲突。
论及这场风波的缘由，还要追溯到1956年1月，中共中央召开全国知识分子问题会议。
在这次会议上，毛泽东、周恩来要求全党、全军和全国人民努力学习科学知识，为迅速赶上世界科学技术先进水平而努力奋斗。
在这次会议上，周恩来代表中共中央，作了《关于知识分子问题的报告》。
在报告中，周恩来着重分析了高级知识分子的情况，全面总结了新中国成立6年来中国共产党对知识分子工作的经验教训，明确提出了今后对知识分子工作的方针任务，并强调指出：“我国知识界的面貌在过去六年来已经发生了根本的变化”，知识分子的“绝大部分已经为社会主义服务，已经是工人阶级的一部分”。
该报告充分肯定知识分子在社会主义建设时期的重要地位和作用，指出“在社会主义时代，比以前任何时代都更加需要充分地提高生产技术，更加需要充分地发展科学和利用科学知识”，建设社会主义“必须依靠体力劳动和脑力劳动的密切合作，依靠工人、农民、知识分子的兄弟联盟”。
也就是在这次会议上，中共中央发布了《关于知识分子问题的指示》，国家制定了1956年至1967年全国科学技术发展规划和哲学社会科学发展规划，向全国发出了“向科学进军”的号召。
这次会议过后不久，毛泽东又在最高国务会议第六次会议上指出：
“社会主义革命的目的是为了解放生产力。”
“我国人民应该有一个远大的规划，要在几十年内，努力改变我国在经济上和科学文化上的落后状况，迅速达到世界上的先进水平。”
他还特别指出：“为了实现这个伟大的目标，决定一切的是要有干部，要有数量足够的、优秀的科学技术专家。”
同年4月，在中央政治局扩大会议上，毛泽东又提出发展尖端技术的问题。他从巩固国防安全的角度提出，不仅要有更多的飞机大炮，而且要有原子弹，要想不受人欺负，就不能没有这个东西。
