创立北京大学中国经济研究中心
1994年8月，林毅夫与易纲、海闻、张维迎、张帆和余明德6人在北京大学创办中国经济研究中心，林毅夫出任主任，是中国经济学研究的最前沿，也一直是中国政府决策部门重要的智库之一。
“下个世纪将是中国经济学家的世纪。”
这是15年前，北京大学中国经济研究中心（CCER）主任林毅夫在中心成立之初的一句豪言。几乎所有的人都只把它当作一句祝词时，林毅夫和易纲、海闻等初创元老却把它当作CCER奋斗目标，开始了迄今十几年的实践。
1992年，40岁出头的林毅夫和吴敬琏同获中国经济学界最高奖--“孙冶方经济学奖”。1993年，他又被授予国家级有突出贡献的青年科学家称号，同年他获得美国明尼苏达大学国家粮食和农业研究中心政策论文奖和香港中文大学“大卫·莱姆经济学家”荣誉称号，及美国中国经济学会授予的终身成就会员荣誉。
当年6月，林毅夫和蔡妨、李周共同完成了以“比较优势战略”理论模型阐释中国改革的专著《中国的奇迹：发展战略与经济改革》，3个月内一销而空，成了学习中国经济改革的一本必读书，此后畅销10年。
北京大学中国经济研究中心的宣传资料说，“这位芝加哥大学经济学博士、诺贝尔奖获得者舒尔茨的弟子，为了在中国建立一座像世界经济学'重镇'芝加哥大学经济系那样的学术机构，酝酿了多年。现在，终于和同岁的海闻、36岁的易纲、35岁的张维迎走到了一块，实现了愿望的第一步。”
林毅夫本人将自己归入鸦片战争后的第六代中国知识分子。从清朝的林则徐、魏源等人的“师夷长技以制夷”，到历经维新时期的康有为、梁启超、严复，再到孙中山，到陈独秀、李大钊和毛泽东，到马克思的追随者，经历了向西方学习物质技术、政治制度、文化民主、革命理论的过程。
林毅夫认为，与前五代相比，他们这一代向西方学习只是一种研究方法。“西方的理论和经验在我的知识结构中不起决定性作用，而现在恰恰是中国自身的经济发展已在世界上创造了奇迹，我们要做的是研究它并且提升它为理论。”
当初决定回国时，有人劝他，回去后就很难看到珍贵的文献了，对研究不利。林毅夫称：“我从来就不是从文献出发的。”
当年，林毅夫、易纲和张维迎，分别从北京、美国和英国赶到海南，参加一个经济学研讨会。共同的理想让他们一拍即合，决定创办一个独立于政府机构，专门吸收归国学者进行研究和教学的机构。他们给这个机构取名中国经济研究中心，这是中国第一个由归国学者成立的独立研究机构。
在北京大学的努力下，几个学者的研究中心最终选址北大。离开12年后，林毅夫以研究中心主任的身份，重回北大。
1994年8月17日，北京大学第347次校长办公会议经研究决定，成立北京大学中国经济研究中心，明确中心为实体机构。同时任命林毅夫为中心主任，易纲和海闻为中心副主任。
同月下旬，林毅夫离开国务院发展研究中心，回北京大学上班，易纲、海闻、张维迎、张帆、余明德学成回国后到该中心工作。9月，该中心为经济学院和管理学院开设了宏观经济学、微观经济学、计量经济学和发展经济学4门课程。
1995年3月，在北京大学、世界银行、美国福特基金会、洛克菲勒基金会、德国诺曼基金会的支持下，该中心举办了成立大会。1993年诺贝尔经济学奖获得者道格拉斯·诺斯、1999年诺贝尔经济学家罗伯特·蒙代尔还在成立大会上作了专题学术报告。已经95岁高龄的北大经济学元老陈岱孙也登台作演讲。
“在北京大学成立中国经济研究中心，就是希望把这个看到的前景（21世纪是中国经济学家的世纪）变为现实。当然，达到这个目标要靠一两代人的努力。怎样才能把这个前景变为现实呢？重要的是要改变研究方法。目前国内经济学界最缺乏的是规范研究的传统，要把以往的从经济思想史入手的研究方法，变成以经济分析为主的研究方法，把别人的东西记得再清楚还是别人的东西，真正要对经济学的发展做出贡献，要从生活中发现问题。我相信，只要我们按规范的方法，以中国的成败兴衰，尤其是新中国成立40多年和改革这10多年的历史作为分析对象，扎扎实实地研究，我们一定会实现这个目标，下个世纪将是中国经济学家的世纪。”大陆媒体《商务周刊》制作的北大中国经济中心10周年专题中，林毅夫如是说。
而研究中心创办时，时任北大校长丁石孙，在1998年的一次学术活动中公开评价林毅夫说，“我非常高兴地看到，年轻人的梦想能够得以实现。每个人年轻的时候都有自己的梦想和对未来的憧憬，但是，许多人仅仅停留在梦想阶段，很快就忘记了自己的梦想。然而，林毅夫却是一个有了梦想之后努力去实现梦想的人。今天看到北大中国经济研究中心办得这么好，感到十分欣慰。”
客观地说，林毅夫早年为实现梦想，从未间断过自己的努力。虽然CCER建立之初就被当作北大学术“特区”，但万事开头难，北大很想支持这帮年轻人的想法，可当时既没有房子也没有钱，只能提供简单的设施。艰难可想而知，林毅夫为了筹款到处做说客。他的哥哥林旺松、世界银行、福特基金，都曾是他游说的对象。
据大陆媒体报道，6位“海归”博士坐在简陋的北大老教学楼109号办公室，坚信这是一块“孵化”未来中国诺贝尔奖获得者的热土。老教学楼的两间半办公室，学生来老师去，拥挤不堪。而不少大陆媒体怀着兴奋的心情表达了对这个机构的厚望，但又用保留的态度关注林毅夫等人“开创中国经济学家世纪”的豪言。
1995年，在北京大学中国经济研究中心成立大会后不久，该中心又与国际食品政策研究所和国际水稻研究所成功举办了“水稻中长期供给和需求的预测和政策意义”国际研讨会，巴基斯坦、孟加拉国等10多个国家的高层农业决策官员及专家学者70余人参加了会议。
一时间，刚成立的北大中国经济研究中心俨然已经成为中国经济学研究的最前沿，此后更是成为中国政府决策部门重要的智库之一。
