1987年，就在林毅夫应该回国的前一个多月，他突然音讯皆无。
他的导师董文俊这个月没有收到林毅夫一封信。“怪了，传说快要回来了，也不来信，哎哟，我那时候真有点打鼓了。虽然别人问我我还说，不会，他会回来，一直打鼓，打鼓。我没事就想，这要不回来，真是太遗憾了。”
就在董文俊也开始怀疑林是否会回国时，突然收到一封电报，署名林毅夫。
电报中说第二天晚上11点左右，林毅夫会到达北京。原来最后一个月，林毅夫觉得周围有点异常，害怕安全出现问题，“是登机牌拿到以后，才给我发的电报。”董文俊回忆。
和林毅夫一起回国的还有30箱英文资料，为了携带这些资料回到北京，经济上算不上富裕的林毅夫花了不少托运费。几经波折，但林毅夫还是成为中国改革开放后第一位回国的经济学博士。
很久以后，林毅夫在电视上，对着喜欢他的学生和普通观众称，“在美国当然可以当老师也可以在金融机构工作，但从我个人来讲的话，回到国内我内心的满足会大很多，而且国内呢是处在一个快速发展、快速转型时期，如果自己能参与的话，这是一个千载难逢的机会。所以我想，对我选择回来这是应该讲不需要考虑的事情，必然是要这么做的事情。”
当然，也有许多人为他惋惜--中国几乎没有研究伙伴，没有讨论和交流，甚至资料都难以搜集。“（这些）我都知道。可研究是什么？就是要对不能解释的现象给出合理的解释。中国有的是这样的经济现象，这是最重要的。”林毅夫说，关于回来的决定，他“一点挣扎都没有”。
有记者追问：“你追求的是什么样的满足感？”
林毅夫答道：“我想说当然今天回过头来看当时的决策是对的，因为现在呢这个社会发展得非常的好，那我只能这样说我是比较运气，这个时代给了我很多机会。但我并不是说因为一定这个时代会给我什么我才去做什么，我想更重要的是要追求的，要问的是自己能做什么。”①
回国后，林毅夫担任国务院农村发展研究中心发展研究所副所长，同时兼任北京大学副教授。
北京大学本有希望留下这位曾经“冒险”破格录取、辛苦培养的学生，但因为一套房子，林毅夫和北大擦肩而过。
“小林拖家带口的，的确需要一套房子，但当时的北大解决不了。”董文俊说，当时北大房子很紧张，很多当了几十年的老教师都没有解决住房，给一个刚毕业的小年轻分套房，实在说不过去。
但在20世纪80年代，房子可是大学机构中最稀缺的资源。为了林毅夫回北大的事情，董文俊四下奔波，还专门跑到校党委书记那里要房。书记两手一摊：实在没房。
与北大擦肩而过后，林毅夫又站在人生的十字路口。他面临一个选择，为官，还是做学者。当时有两个机构向林毅夫伸出了橄榄枝，一个是国务院农村发展研究中心，邀请他到农村发展研究所任副所长。一个是国家教委，邀请他到教委国际合作司当司长。
当时的国内经济学界，林毅夫虽然只是一个新人，但已经有了一些名气。回国之后，还不时有国外的大学邀请他去讲课。虽然暂别燕园，林毅夫却对有一天能再回北大念念不忘。
“小林来找我商量，我建议他，如果当了官，这么多年的学问不是白做了，但我没给他直接的建议。”董文俊说。
最终，林毅夫选择到国务院农村发展研究中心工作，坚持了他的学术梦想。
