1979年5月16日傍晚时分，林毅夫“假传演习命令”，下达宵禁令，由连传令兵通知沿海岗哨，不准驻防马山播音站的官兵在夜晚点名后走出营房；若发现海中有人游泳，严禁开枪射杀，以让游泳者顺利泅水“叛逃”对岸；即使听到枪声，亦不准一探究竟。其实，那个“游泳者”不是别人，正是下达宵禁令的上尉连长林毅夫。
根据潮汐表，晚上10点，是海水水位最低的退潮时间，林毅夫穿上草绿色军服，套上军用救生衣，他的战斗腰带上挂着指北针、水壶和急救包，口袋里揣着能够证明自己身份的补给证。下海前，他把写着“连长”字样的球鞋脱在沙滩上，待一切都布置好了，悄悄抱着两只篮球下了海，浮沉之间，一拨一划地游向彼岸，开始了另一段截然不同的人生。
不过，两只篮球的说法显然是出于人们的想象。在2008年3月7日全国两会期间，林毅夫夫妇举行的新闻发布会上，抱着篮球游过海峡的说法被证实是谣言。
林毅夫的妻子陈云英在发布会上透露，林毅夫是个游泳健将，至今仍可以连续游2000米。“没有人能抱着篮球游过台湾海峡，不信你抱抱看！”林毅夫这时插进来说，“尤其是两个篮球。”在场记者全被夫妇俩逗笑了。
2009年7月，台湾监察委员叶耀鹏自动申请调查“林毅夫案”，发现了很多不同的细节，事关至今仍然追诉该案的正当性。
叶耀鹏调查发现，其实金防部（金门防卫指挥部）在发觉林毅夫失踪之后，旋即发布“雷霆演习”，在全岛展开三天三夜大规模搜索，结果经过清查后发现，连内（当时林毅夫为金门马山连连长）短少的物品包括了救生衣、指北针、急救包及军人补给证等。叶耀鹏研判，当时军方应该已经认识到，林毅夫已经穿着救生衣长泳2000米后登陆大陆。
不过，由于军中流传林毅夫系抱着篮球游到大陆，为了避免此事重演，军中风声鹤唳，下令官兵不准打篮球。
因此，有很长一段时间，篮球成为金门驻军违禁品。即使后来恢复可以打球，军人打完球之后，也必须立刻把球放气并实行统一保管，甚至连保特瓶都不准使用。这成为两岸对峙年代在金门前线的一段笑话。
叶耀鹏还发现，林毅夫“叛逃”时，军方已经在他下海处找到脱下的鞋子，当时鞋子上就写着“连长”两个字，这更证明金防部其实一开始就知道是“叛逃”，只是担心受到惩处，所以不敢承认，而以“失踪”处理，甚至还发放抚恤金给林毅夫家属，并未发布通缉令。
“鸡犬不宁”的金门
1979年5月，金门仍然处于戒严、军管时期，草木皆兵，但已听不到炮声。
1992年版的《金门县志·大事志》记载了5月的金门：11日，“总政战部主任”王昇上将抵金门，并赴大、二担岛慰问守军，祝贺端午节；13日，台湾战略顾问何应钦、顾祝同、黄杰、尹俊上将，由“陆军总司令”郝柏村上将陪同，抵金访问2天，星星闪烁的大官齐聚5月的金门，陪同他们的，是金防部司令李家驯、金防部政战主任兼战地政务委员会秘书长曹兴华以及军派的金门县县长石政求等人。
记载了这些高官探访金门后，这本《金门县志》的5月大事志在13日后即跳过，有13天的“空白”，直到27日才又出现“台湾省议会端节劳军团，由'议长'蔡鸿文率领抵金，慰劳前线战士”的新闻。
难道这10多天里，金门不再有台湾岛内“大官”来访的“大事”？要知道，金门在两岸对峙时期，地位何等的重要，若真有十几天没有任何新闻，必定是出现了重大状况。
事实上，这段空白期正是林毅夫游到大陆，金门守军慌忙寻找未果、全军整顿的日子。根据当年多名台军金门守军的回忆，我们可以勾勒出这几天发生的事情。
1979年5月16日上午，刚从台湾陆军“政战学校”毕业的杨姓中尉排长坐上师部“政战主任”的车，怀着一颗忐忑、兴奋的心前往马山连报到担任该连的辅导长（相当于解放军的指导员）。
这是这位年轻军官军旅生涯中的第一个“政战职务”，就被派往全师最重要的一个连，不但全连官兵都是精挑细选出来的，而且连装备和福利都是全师最好的。一个连的辅导长的履新，由师部政战主任亲自主持，可见这个连受重视的程度。
当然，最重要的一点是，这个连的连长是台军中明星中的“明星”--林正谊上尉。这位杨姓年轻军官，在学生时代就经常在电视上看到这个明星学长代表军方参加各项活动，如今就要和他共事，而且林正谊还是政大企管研究所刚出炉的硕士，杨更是无比紧张兴奋。
到马山连报到后，他的学长兼连长匆匆交待了几句勉励的话后，就视察据点去了。杨辅导长也忙着办理交接，午饭和晚餐时与连长同桌，碍于军衔上下级的区别，没和连长讲上两句话。本想晚餐后向连长请教，想到来日方长，不急于一时，且连上据点分散，早上报到后很多弟兄还未见过面，就拉着接待战士前往各个据点视察。离开连部前，见连长正在中山室收看华视晚间新闻，匆匆向连长报告后就出发了。
大约晚间9点左右，杨辅导长正在某据点视察，忽然接到连部电话，金门守军师部查哨官来到连上要找连长，联络了几个据点都找不到，询问是否和辅导长在一起。
杨辅导长此时才觉莫名其妙，匆匆赶回连部，一行人查遍了连上防区还是没有连长行踪。这时杨辅导长心生不妙，火速向上级反映。
在师部全面清查后发现，连长失踪了。林毅夫失踪的那天晚上，台湾军方全面封锁消息。金门全岛鸡犬不宁，所有驻军出动，连夜展开全岛水陆两域地毯式搜索。
照明弹从凌晨打到天亮，50机枪与105榴炮不断射击海面可疑漂浮物，但打到的都是浮木。
