1961 年1 月17 日清晨，卢蒙巴和另外两位同伴被内达卡从蒂斯维尔的军营中提了出来，带到莫安达的一个机场，押送他们的是从开赛特意挑选出来对卢蒙巴心怀仇恨的三名巴卢巴族士兵。在飞往伊利沙伯维尔六小时的航程中，这几名囚徒惨遭卫兵的毒打。他们的衣服被撕成碎片，血迹斑斑。抵达目的地时，在机场迎接他们的是一支由比利时军官和加丹加士兵组成的部队。在遭到这些军人用枪托一顿痛打后，他们被扔进一辆卡车，带到距机场两英里开外的一间空房子里，看守他们的是由一名比利时军官指挥的部队和警察。他们被监禁在卫生间里，一次又一次地遭到毒打和折磨。冲伯和其他一些加丹加部长也都赶来，一边观看，一边辱骂嘲弄他们，甚至亲手参与暴行。当冲伯回到自己官邸时，据他的男管家讲，他“浑身沾满了血渍”。当晚，这些加丹加人在冲伯的官邸觥筹交错，一醉方休。正是在这场聚会上，他们决定，卢蒙巴和他的同伴应立即被处决。
当晚10 点左右，据荷兰记者卢多·德韦特颇具可信的报道叙述，在一队车辆护送下，三名囚徒被带到30 英里外丛林中间一片开阔地。坐在车队里有冲伯、几名加丹加部长、三名比利时军警，还有比利时的一名警察署长弗朗斯·韦斯科里。
到达目的地时，他们的坟墓已经挖好。这些囚徒打着赤脚，身上只穿着裤子和汗衫。当卢蒙巴被带到墓坑时，他问韦斯科里：“你打算杀掉我们，是吗？”“是的。”韦斯科里回答道。卢蒙巴最后一个死去，被一名比利时军官指挥的行刑队射杀。
比利时人十分担心他们卷入杀害卢蒙巴的行径败露，当天夜晚就编造出一个故事，声称卢蒙巴和他的同伴如何从拘押地点逃跑、如何被“爱国”村民杀死，云云。此外，他们还决定毁尸灭迹。第二天夜里，两名比利时人率非洲人助手把尸体挖了出来，运送到伊利沙伯维尔东北120 英里的卡森加，在那里将尸体砍成碎块，扔进一只盛满硫酸的桶内。然后，他们又将头颅骨研磨成碎末，把骨头和牙齿沿途抛洒在返回的路上，这样，就再也找不到卢蒙巴和他的同伴的蛛丝马迹了。
卢蒙巴之死使他成为现代历史上为政治而殉难最著名的一位烈士，并在刚果全国大部分地区引发巨大震动，在世界范围激起抗议浪潮。比利时驻开罗大使馆遭到洗劫，包括华盛顿、纽约和伦敦在内全球30 多个城市爆发了示威游行。在众多示威者心目中，卢蒙巴是一位为把祖国从帝国主义铁蹄下解放出来而斗争的英雄人物，是新殖民主义阴谋的受害者，是因挑战西方列强霸权而惨遭不幸。一夜之间，他迈入了自由解放英雄的万神殿。
的确，卢蒙巴面对的困难是巨大的。比利时在刚果实行的渐进独立政策遭到失败，意味着这个地缘广袤、构成复杂的国家落入一群相互倾轧的政客手中，他们严重缺少执政、议会运转和行政管理经验，倏忽间不仅要去平息军队哗变，同时还要处理觊觎国家重要财富资源的分离主义运动。
然而，在很大程度上，是卢蒙巴本人将刚果推入充满混乱、恐惧和暴力的局面。从一开始，他所领导的联合政府就摇摇欲坠；他自己的党在议会中所占议席不超过1/4。他没有任何行动或战略计划，习惯于凭一时冲动武断地做出决策，很快疏远了许多刚果国内自己的盟友。伴随着他营造出的狂热气氛，阴谋和仇恨也滋长着，充斥着他周围。
他被自己反殖民主义的华丽辞藻冲昏了头脑，正值刚果亟须各方支持援助之际，他居然在几周之内，不仅把比利时，而且将美国、乃至联合国都变成了自己的敌人。他向苏联求助，无非是一个机会主义的伎俩，但是，却引发了一场冷战对抗，衍生出危险的后果。苏联的反应同样是机会主义的：在呵呵1960 年，它还没有什么能力向中部非洲运送军力来影响局势发展，但是，它渴望有这样一个机会，能够插手那里的“反帝”斗争。实际上，苏联对西方利益造成的威胁被夸大了。1962 年，中情局局长艾伦·杜勒斯在电视上承认，美国“高估了苏联在刚果的威胁”。但是，卢蒙巴莽撞行事，轻率地让苏联卷入进来，使得西方政府确信，必须除掉他才符合西方的利益。联合国官员承担着避免刚果分裂的任务，却不断遭到卢蒙巴的抨击，所以，他们在相当程度上也持有同样看法。由于卡萨—武布和蒙博托答应采取行动反对自己的同僚卢蒙巴，人们显然舒了一口气，普遍有一种释然的感觉。卢蒙巴担任总理67 天，在这短短的时间内，他浪费掉了一切善意，而树起了一批强大的敌人。
卢蒙巴之死的详情，以及诸多参与其中的同谋真凶，许多年之后真相才大白于天下。40 年来，比利时政府一直声称，卢蒙巴之死纯属刚果人自己的事。直到2000 年，在荷兰记者卢多·德韦特所做调查的压力下，比利时当局被迫进行了一次官方正式调查，结果在2001 年正式承认比利时应“承担部分责任”。至于蒙博托，这位参与策划谋害的主要同谋，后来居然也披上卢蒙巴的遮盖布包藏自己，颂扬卢蒙巴是“杰出的刚果人，伟大的非洲人”。
但是，刚果毕竟为独立带来的动荡付出了沉重的代价。在随后许多年里，这个国家变成了一个战场，彼此敌对的各个派系、疯狂抢掠的兵卒、外国军队、海外雇佣军、狂热的革命者，以及外交团、顾问团等，在这里你争我夺，相互厮杀。谋求分离的加丹加又挣扎了两年，直到1963 年，在联合国努力下，最终结束了分离主义行动。
接着，到了1964 年，曾经是卢蒙巴根据地的刚果东部爆发了叛乱起义，其规模之大，在刚果历史上实属空前。在长达三个月时间里，利奥波德维尔政权对全国一半国土失去了控制。卢蒙巴旧部在斯坦利维尔建立了“刚果人民共和国”，下令大规模处死职员、教师、公务员和商人，这些人被视为“反革命分子”或“知识分子”。至少有2 万名刚果人失去了生命，其中许多人是在卢蒙巴塑像下被极其残忍地当众处死。
为避免刚果分裂，美国和比利时开展了大规模救援行动，提供战斗机、运输机、反叛乱专家和数百名技术人员。在中情局支持和赞助下，身为古巴难民的飞行员、欧洲籍机械技师等受雇组成了一支空军战斗部队。此外，一支由冒险家、亡命徒、无业人员并包括一些主要从罗得西亚a 和南非征募来的职业士兵混合成的大杂烩，凑成一支雇佣军。
濒临失败之际，斯坦利维尔政权抓捕了300 多名比利时和美国人质。比利时派出伞兵部队，乘美国飞机空降在斯坦利维尔，实施营救人质行动。总计约有2000 名白人从刚果东部地区撤离。另有约300 人，包括生活在边远前哨地区的传教士，惨遭杀害。雇佣军和政府军击退了反对派叛军，同时大肆烧杀抢掠，犯下了骇人听闻的累累罪行。总计下来，在1964 年叛乱事件中，死亡人数估计达到100 万。
在利奥波德维尔，政客们重新开始了他们的争吵和阴谋。1965 年，军队总司令蒙博托再度站了出来，中止一切政治活动，由其本人担任总统职务。
在当时，此举似乎给人们带来了些许缓解苦难的希望。
