然而，战争结束后，年届半百的他仍然渴望返回肯尼亚，投入民族主义斗争之中。他曾恼怒地向埃德娜咆哮道:“我觉得自己就像一名将军，与自己的部队相隔5000英里之遥。”1946年9月，他回到了肯尼亚，此时，在基库尤人中间，暴乱迹象已经开始显现。
基库尤人是一个勤劳、能干而又渴求致富的民族，他们眷恋土地，人口逾百万，是肯尼亚最大的部族，并且数量仍在迅速增长。他们生活的地盘紧邻内罗毕，几乎全都处在白人高地包围之中，所以，与许多其他部族相比，他们对殖民统治带来的冲击和影响感受会更多一些。在内罗毕附近，有100多万平方英里的基库尤土地被让渡给欧洲人作居住地之用，这成了一个经常要爆发的矛盾焦点。而基库尤人中央协会的主要诉求就是呼吁收复“失地”。战事爆发后，由于协会的反政府政策被认为具有颠覆性质，这个组织遭到了取缔。
白人高地大部分位于裂谷省，那里正在酝酿着另一个土地不公问题的矛盾。以畜牧业为生的马赛人被迁移走之后，裂谷省的田地主要由白人占据并开垦。除了开发经营农场的白人地主外，还有一些基库尤农民，他们从基库尤地区移民到裂谷省，自行开发利用那里广袤而待开垦的土地。这些基库尤人被称作“斯夸特”，意思是“擅自占用空地者”，他们的到来受到需要定期用工的白人农场主的欢迎，于是，一种以工偿租的土地租佃制度应运而生。基库尤“斯夸特”们佃来一爿土地，种植玉米，或是放牧羊群，作为回报，他们以务工或实物的方式缴纳佃租。在裂谷地区，许多“斯夸特”生于斯，长于斯，视白人高地如同自己的家园。尽管与白人农场主之间存在着冲突摩擦，“斯夸特”们还是努力生存了下来，成了自我经营的生产者。到了20世纪40年代中期，这些基库尤“斯夸特”们，连同他们的家眷，人数激增到约25万，占到基库尤族总人口的1/4。
然而，到了战后时期，“斯夸特”居民面临着日益严峻的威胁。白人农场主需要更多土地来扩大经营，并且只愿意雇佣薪资劳工，从而严格限制了“斯夸特”的经营活动，使得成千上万的穷人难以生存下去，被迫背井离乡。英国政府更是雪上加霜，在白人高地划出25万英亩土地，专门提供给英国退役军人使用。在二战结束后三年时间里，为逃避经济萧条，大约有8000名白人移民来到肯尼亚，使白种人口总数达到了4万人。
失去了耕地，无处放牧牛羊，家园遭到破坏，“斯夸特”们以秘密起誓的方式团结在一起，开始了抵抗斗争。基库尤人在社会生活中的方方面面，都会广泛采用“起誓”这种传统的习俗。20世纪20年代，受英国人举行对国王起誓效忠仪式的影响，基库尤人中央协会的领袖们为基库尤人创立了自己的起誓效忠仪式：起誓者左手举着《圣经》，右手握着一把泥土，紧紧压在肚脐上，口中发出誓言，决心忠诚地服务于基库尤人民。战后，被取缔的协会成员在秘密集会时，又发明了一套新的、具有特有的基库尤象征符号的起誓效忠方式——用山羊肉替代了《圣经》。起誓活动在裂谷地区“斯夸特”居民中传播开来。白人农场主越来越多地遭遇到牲畜被杀害等破坏活动，日益被一种野蛮残酷的氛围萦绕着。
年，裂谷省纳库鲁区专员在他的年度报告中第一次正式提及“茅茅”的名称。这个名称在基库尤语中没有任何含义，它的出处也淹没在基库尤人热衷迷信的激情之中，已经无从考证。当局坚信这是一个邪恶的秘密社团，于1950年8月取缔了“茅茅协会”。但是，他们所面临的真正挑战，是基库尤族人中间正在酝酿着的一场暴乱。正是由于这场暴乱，“茅茅”被人们广泛用作“恐怖”的代名词。
返回肯尼亚后，肯雅塔迅速掌握了肯尼亚非洲人联盟（简称“肯联”）的领导权。肯联是一个致力于争取非洲人权利的民族主义组织，成立于1944年。肯雅塔强势的个性、富于感染力的演讲能力和张扬的风格，很快打动了聚拢在他身边的听众。他认为自己的根据地不能设在内罗毕，而应设在基库尤人所在的农村地区。于是，他买下一个小农场，盖了一栋宽敞的房子，里面放满了书籍、照片和从欧洲带回的纪念品，又娶了一位南基库尤地区最有势力的科伊南吉家族的女子为妻。他本人被任命担任吉通古里一所教师培训学校的校长，于是，他将自己的大本营设在那里，这座镇子也就成了一个广泛的政治网络中心。他的目标是要把肯联发展成为一个真正的民族主义运动。可是，肯联及其领导人所得到的民众支持主要来自基库尤部落，而正是在基库尤人当中弥漫着对政府和白人的愤怒情绪，甚至达到了白热化程度。
不只是裂谷地区的“斯夸特” 准备揭竿而起，处在暴乱的边缘，在人口稠密的基库尤保留地，既有的“失地”矛盾已经相当尖锐了，而政府为防止土地流失，又强行采取了新的农田保护措施，不啻雪上加霜，再加上政府限制非洲人从事咖啡等高收益经济作物生产，人们的不满情绪越来越被激化。基库尤保留地一些头面人物也在不断为自己攫取土地，造成了土地压力日趋严重。基库尤地区的无地农民，加上裂谷地区失去生计的“斯夸特”，大批拥入内罗毕的贫民窟。
战后的几年里，内罗毕的非洲裔人口翻了一番，半数以上居民是基库尤人，随着越来越多贫困潦倒的无业游民蜂拥而至，他们的队伍更加庞大起来。除此之外，在他们的行列中，增加了一批又一批的退伍军人，他们从战场上回来，满怀对新生活的美好期望，然而，等待他们的惟有贫穷和《通行证法》。工作无着落、居住条件简陋、工资收入微薄、通货膨胀，以及无家可归等问题，导致不满情绪迅速高涨，社会治安明显恶化。“40后集团”是一个集政治和犯罪为一体的组织，成员主要是20世纪40年代出生、战时曾在印度、缅甸和埃塞俄比亚服役的退伍老兵，以及其他一些激进好战分子，他们计划采用暴力手段来反对政府的政策，对付政府的支持者。工会组织也在内罗毕逐渐壮大，推波助澜欲掀起一场充满敌意的运动，强烈反对英国王室在内罗毕享有特许权。同样，非洲的新闻媒体也开始发出越来越刺耳的腔调。起誓活动，始于裂谷地区“斯夸特”居民，渐渐传到了基库尤保留地和内罗毕，到了1948年，该活动进入高潮。在洋溢着炽热气氛的起誓仪式上，人们唱着由教堂赞美诗改编的基库尤歌曲，歌颂着肯雅塔。祈祷者们也在诵读着赞美肯雅塔的篇章。总计下来，参加起誓活动的基库尤人达数十万。
基库尤人怒气越来越大，可英国总督菲利普·米切尔爵士却无动于衷。这位总督是一个旧式殖民学校培养出来人物，性情孤僻，难以接近，对非洲民族主义者态度傲慢，鄙夷不屑。他更多地关切桀骜不驯的白人社团，对非洲人的怨愤情绪却视而不见。更有甚者，他竟然打算依靠极其简陋的武器装备去对付眼下正在蔓延的危机。
肯雅塔对激烈的军事斗争同样缺少指挥掌控能力，他更多地倾向于使用宪政手段反对殖民统治，可是，他身边却是一批准备使用暴力的激进分子。1951年，一个强硬派组织，其中包括两名显赫的工会活动家——弗雷德·库贝和比尔达德·卡吉亚，夺取了肯联内罗毕支部的控制权，进而凌驾于全国执行局之上，攫取了实际支配权。其后，他们又秘密成立了自己的中央委员会，暗中策划武装起义。卡吉亚是一名前陆军上士，战时曾在非洲、中东和英格兰服役。谋杀、破坏和强制起誓等暴力事件爆发得愈加频繁了。
暴力倾向在基库尤人中产生了分裂。基库尤族传统的头面人物——酋长、首领和地主，积极向上的中产阶级——实业家、商人、公职人员和公立学校教师都反对暴力。人数众多的基库尤基督徒也持同样立场。到1952年，基库尤族人大多都卷入了暴乱。
