肯雅塔试图安然度过动乱期，并没有去煽风点火，而是在努力平息危机。内罗毕那些头面激进分子一面打着他的旗号，一面又对他疑心重重。政府要他公开谴责茅茅，他俯首听命，于1952年8月在基安布用基库尤族的传统咒语向大批集会群众说：“让茅茅遗臭万年吧。大家动员起来，一起查茅茅，灭茅茅。”此番话激怒了中央委员会。不久，他被召到内罗毕肯联总部，出席中央委员会的会议。在那里，他惊讶地发现中央委员会委员们到底是何许人了。“我们说，‘我们就是茅茅。你在基安布大会上讲的那些话，绝对不允许再讲第二次’，”弗雷德·库贝回忆道，“假如肯雅塔继续指责茅茅的话，我们就会去告发他，这样就会要了他的命。后果之严重，他是明白的。他那天很不开心。我们不是他所熟悉的、经常打交道的老一代人，我们是青年人，我们是说得出也做得出的。”
暴力活动趋于恶化，每天都有凶杀、强迫起誓、威胁、恐吓事件发生。此时，新总督埃维林·巴林爵士走马上任。在下属官员们的影响下，这位新总督断定，要对付暴力，最好的办法就是把所有肯联领导人统统关押起来。1952年10月，上任伊始的巴林即宣布进入紧急状态，下令关押肯雅塔及150名其他政治人物。在茅茅分子看来，此举无异于公然宣战。与此同时，白人农场主大规模驱赶“斯夸特”，大约10万人被迫离开裂谷地区，引发日益严重的恐慌，也给茅茅提供了源源不断的大量兵源。许多人径直奔向阿伯德尔斯山和肯尼亚山的密林，加入了那里新近建立的武装组织。巴林的行动不仅未能剿灭暴乱，反而推波助澜，使之加剧升级。第一起白人定居者被杀害事件，正是发生在宣布实行紧急状态之后。
然而，战争造成的影响，首当其冲的不是白人，而是基库尤人中间的“保皇派”。茅茅领导人做出决策，首先要强行实现基库尤人全族上下团结一致的目标，而后才是针对白人开展斗争。于是，他们将矛头对准了基库尤“保皇派”，杀死“保皇派”近2000人。而叛乱分子及其支持者的死亡人数，根据官方统计，则高达11500人。但据研究人员近年来所做推算，真实数字要远远高得多。大约8万基库尤人被关进拘留营，受到残酷粗暴的非人待遇。随着茅茅面临的形势日益严峻，他们在丛林中的团伙领导人千方百计要维持自己的控制，一方面诉诸更加荒谬极端的誓约方式，另一方面对基库尤人和白人一律施以恐怖威吓手段。相比之下，白人社团轻而易举地度过了危难。尽管白人农场主生活在各自孤立无援的农庄，时时处在惊恐和危险之中，经过四年战事，只有32名白人平民遇害，甚至比内罗毕同期的交通事故死亡人数还少。
总督巴林决意将所有这一切都归罪于肯雅塔。“他不顾一切地要判肯雅塔的罪，而且要从快判罪。”巴林的传记作者查尔斯·道格拉斯—霍姆写道。但问题是缺少证据或是证据不足。于是，巴林批准向愿意作证的证人发放“酬金”。在就此向英国殖民部上呈的报告中，他写道：“支付酬金，提供保护，能做的一切都做了。可是，还是没有一个人敢于在法庭上与肯雅塔这样一个令人生畏的人物当面对质。”讼方主证人罗森·马查里亚得到承诺，将获全额资助赴英国一所大学学习两年，学成回国后还会被安排在政府部门工作。于是，马查里亚出庭作证，声称自己亲眼看到肯雅塔在1950年曾为若干人主持过起誓仪式。肯雅塔矢口否认，另外九名证人的证词也都被肯雅塔斥之为谎言。然而，地方法官兰斯利·撒克尔——一位退休的前高级法院法官、白人社团眼中的“明白人”，决定采纳马查里亚的证词。“尽管我做出的判决意味着，我不相信十位被告的证人，而相信一位控方证人。但我毫不犹豫地做出这样的判决了。因为，罗森·马查里亚的证词做得很好。”当时，谁也不晓得，根据巴林的指示，撒克尔法官已经得到承诺：做出判决后，他将不得不躲避报复而离开肯尼亚，作为补偿，他将获得一笔2万英磅的报酬。后来，马查里亚也终于承认，他对肯雅塔所做的不利证词是捏造的。
撒克尔的判决认为：肯雅塔是茅茅的幕后策划人。他利用自己对基库尤族的个人影响，秘密煽动杀人、放火、实施种种残酷暴行。其目的要把欧洲人统统赶出肯尼亚。“你听任这片土地充斥着悲惨和不幸，危害这片土地上各种族人民、也包括你自己所属族人的日常生活。”
肯雅塔被判有罪，政府竭力要抹去人们对他的记忆，将他关押在地处北部沙漠地区，一个叫洛基塔温格人迹罕至的地方。吉通古里则变成了一个行政中心，肯雅塔居住的房子被拆毁，他的小农场也变成了一个农业服务站。巴林公开扬言，肯雅塔及其他服刑的茅茅头目绝无可能再回到基库尤地区，即使在他们刑满之后也不允许。
暴乱之后，英国政府意识到，如果要把多种族伙伴关系的战略政策继续发展下去的话，必须加速推动非洲的进步。土地改革取得了显著进展：禁止非洲裔农场主种植一系列经济作物的限制被取消了；1959年10月，白人高地正式对所有种族开放。但是，政治方面的进步仍然受到白人的反对和阻挠。1957年，首次举行了非洲人选举，八名当选的非洲人进入立法会，其中包括工会活动家汤姆·姆博亚和一个少数民族卡伦金族的领袖丹尼尔·阿拉普·莫伊。第二年，非洲代表人数增加到14人，与白人代表人数持平。与此同时，也规定了种族平衡状态十年不得调整改变。
在人们看来，似乎还有充足的时间来安排长远计划。1959年1月，英国殖民部国务大臣阿兰·列诺克斯—鲍埃德与东非地区各位总督一起，在英格兰乡下的契克斯召开了一次会议，研究了几个可供考虑的独立日子。他们一致认为，坦噶尼喀可以首先独立，但不能早于1970年；乌干达和肯尼亚可以追随其后，在1975年前后独立。
