在实施过程中，孙中山和陆皓东等人按计划潜入广州，但计划赶不上变化，他们没想到的事情发生了，人员和军火未能如期布置停当，导致起义的日期一推再推。到了10月27日，反倒是清朝官府得到消息后先下手了，大肆抓捕革命者。陆皓东等人被捕，光荣就义。6
费正清在《伟大的中国革命》一书中披露，广州起义的失败完全是天真幼稚的革命党人将起义当作儿戏的结果：暴动计划事先透露给了孙中山的老师何启博士，香港的英国报纸通过何启，事前就知道了计划并发表了支持革命的一案论。尽管报道并不具体，但清朝官府还是从中得到了信息。孙中山原计划联系秘密会党成员从香港乘木划子偷渡到广州暴动的，结果会党成员的木划子刚到广州就被官府围捕了。
这次夭折的起义是孙中山领导的第一次起义。事后，孙中山称赞陆皓东是“中国有史以来为共和革命而牺牲者之第一人”。但是他并没有真正反思起义失败的经验教训。
在欧美，一群绅士占领城市中心，控制政局，或许可行，但在中国为什么就失败了？因为中国历史上从来没有这样的政权更迭方式。西方归来的革命者的理念，在强大的中国传统面前第一次失败了。孙中山没有找到更合适的方式，依然采取西式的起义方法：主要依靠革命情绪高涨的海外革命者，潜入中国沿海地区，谋求占领重要城市，进而撼动全国。从广州起义到武昌起义，孙中山等人发动了数以十计的类似起义，耗费了大量人员和枪械，屡败屡战。
最后，我们再说说兴中总会的会长杨衢云的结局。他适应不了高强度的起义生活，就在1900年1月，兴中会谋划惠州起义的时候，决定辞去会长职务，让孙中山继任。惠州起义失败后，清朝官府侦知兴中会的会长是香港人杨衢云，就悬赏三万银元购买杨的头颅。孙中山等人劝杨衢云离港去外国躲避，杨衢云自负的个性在此时暴露了出来，坚决不愿意过居无定所的流亡生活，也不愿意耗费革命经费，表示要在香港开办夜校教授英文，“授徒以养妻子”。1901年1月10日傍晚，执意留港的杨衢云被清朝官府的刺客在自家的夜校杀害7 。
1898年，兴中会曾经拍照留念，杨衢云坐于前排正中，孙中山站于后排。国民政府时期，蒋介石指令组织部长陈立夫不惜百万重金回购这张纪念照片加以销毁。理由是此照“有损国父形象”。由此，杨衢云在史册中默默无闻的原因可以想见。
杨衢云死后，孙中山无论是实质还是名义上，都承担起了革命领袖的重任。
