要是采纳了高巍的这一建议，朝廷与藩王的冲突至少不会这么快公开化弄得应对失措，再加隆之以礼，推以分封之恩，各藩势力单薄，也就轮不上后来的燕王来僭夺大宝了。可惜高巍提出这一建议的洪武三十一年十月，皇帝和大臣全都一意削藩，他这一对藩王加恩的主张还遭到了目光短浅者的弹劾。高巍不得不提出辞职。
诸王之中，先拿哪一个开刀？密议此事时曾有过一番争论。当时秦王、晋王已死，诸王中较具实力且有可能构成威胁的是驻扎在北平的燕王朱棣，齐泰主张先拿下燕王。黄子澄却不同意，他说：“周、齐、湘、代、岷诸王在先帝时尚多不法，削之有名，今欲问罪，宜先周，周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。”这一愚不可及的“剪燕手足”的策略竟然被建文帝采纳了。于是，建文帝上台三个月后，周王先倒霉，被废为庶人迁徙云南，不久，齐王、代王、岷王相继被废，湘王柏文武双全，也没犯过什么过错，惧怕说不清楚自焚而死。这样不到一年就削去了五个藩王。当然，地处北平的燕王也一直被置于严密的监视中。
对燕王的动作一直迟迟没有发动。议周王罪时，燕王上书自辩申救，建文帝看了这封信，一时恻然，与齐泰、黄子澄商量，说，这事我看差不多了就算了。齐、黄二人坚决反对，说，事情都到了这个地步了，怎么可以不痛下决心。他们还建议，现在我们只担心一个燕王了，他又在病中，正好趁机把他解决了。建文帝犹犹豫豫地说，我即位没多久，连续废黜了那么多王，如果再把燕也削了，我该怎么向天下人交待呢？黄子澄说，制人者制人，后发就要被人所制了。建文帝还是不主张攻燕，说，燕王智勇双全，善于统兵打仗，虽然他病了，恐怕也一时拿他不下的。
齐、黄二人看建文帝一时难下决心，于是调北平永清左、右卫官军分驻彰德、顺德，都督徐凯练兵临清，耿瓛练兵山海关，以控制北平。燕王报称，他的病情越来越重了，乞求把他留在京师的三个儿子放还，也好一尽人伦之乐。匪夷所思的是，黄子澄竟然同意把燕王的这三个儿子世子高炽及其弟高煦、高燧全都放归，他的理由是：“不若遣归，示彼不疑，乃可袭而取也。”真乃书生之见。
1399夏天，皇帝命令他在北平的亲信逮捕燕王，但良机已过，早有觉察的燕王怎会坐以待毙，他使计擒杀了建文帝派来的人，趁着夜色指挥部下攻夺九门，迅速控制了北平局势。接着，他就援引《皇明祖训》，以“清君侧”——清除皇帝身边的奸恶齐泰、黄子澄——为由，起兵“靖难”。誓师时口口声声说“陷害诸王，非由天子意，乃奸臣齐泰、黄子澄所为也”。矛头直指的却是坐江山才满一年的侄皇帝。
