抓住政局稳定的大好时机，门罗政府加大了经济发展的步伐。政府继续实行保护关税政策，大力发展工商业和交通运输业，推动农业的改良和农业机械的使用，政府对公共事业也给以大力资助。由于在国内建设方面取得了较好的成绩，所以在1820年的大选中，门罗几乎以全票连任总统，就连老联邦党人，第2任总统约翰·亚当斯也投了他的票。唯一的一张反对票来自于新罕布什尔州州长威廉·普卢默。有人认为，普卢默此举仅仅是为了把全体一致通过的荣誉保留给华盛顿一人。
门罗拒绝政党政治，尊重立法权的独立，主张对宪法进行严格解释。但他主张推进国内改革，所以签署了几项改善国内事业的议案，其中比较重要的是建立海岸防务体系的计划和一项旨在推进公共设备建设的宪法修正案。他还批准了《规划法案》，以便将来加强市政建设事业，等等。
但“和睦时代”并未持久，奴隶制度和保护主义成为制造不和的两大因素，很快使全国陷入动荡不安之中。1819～1821年，又爆发了美国历史上第一次经济大萧条，致使税收锐减，经济凋敝。为了缓和经济危机，门罗倡导厉行节约，并采取措施稳定财政，但由于他的经济思想比较保守，所以成效不够显著。这次萧条无疑使人们感到失望，加剧了社会分裂。
密苏里危机加速了社会分裂的过程。1819年2月，密苏里要求作为新州加入联邦。在该州是否保留奴隶制的问题上，政坛上发生了严重的分歧，并引发了一场全国性的大辩论。门罗对此仍然坚持中间路线，尽量不直接对国会施加影响。1820年1月，“妥协大师”亨利·克莱提出著名的《密苏里妥协案》，主张密苏里作为蓄奴州加入联邦，从马萨诸塞州中分离出缅因作为自由州加入联邦，旨在维持南北双方的平衡，避免任何一方采取极端行为。门罗对该妥协案持犹疑态度，其原因，一是他同情南方，二是不愿直接干预这一棘手的问题。但后来他仍签署了该法案，因为他担心否决可能导致南北分裂和联邦的解体。
门罗主义 作为行政首脑，门罗在各方面都展示出了卓越的管理才能，尤其是在外交领域。他虽然很少直接参与外交谈判，但十分注意就重大事务征求阁员们的意见，并牢牢地把握着决策大权。
门罗上任不久，就遇到了棘手的佛罗里达问题。长期以来，西属佛罗里达的塞米诺尔印第安人不断越过边界，与美国边民发生纠纷。由于此事有英国人插手，西班牙当局无意介入，门罗政府便派安德鲁·杰克逊率三千军队入侵佛罗里达。杰克逊将军强悍鲁莽，捣毁了塞米诺尔人的村庄，不经审判就绞死了两个亲英的印第安人酋长，并对两个挑起事端的英国人（罗伯特·安布里斯特和亚历山大·阿巴斯诺特）执行了死刑，然后继续深入，驱逐了西班牙总督，占领了彭萨科拉要塞，并派军驻防。这一事件在内阁中掀起轩然大波，几乎所有的人都谴责杰克逊的行为越权，国际舆论对美国也很不利。只有亚当斯一个人坚持杰克逊的行为是正当的。门罗审时度势做出定夺：杰克逊的做法是正当的，同时把夺占的要塞归还西班牙。塞米诺尔战役使西班牙确信，美国人夺取佛罗里达犹如探囊取物，由此产生了出售佛罗里达的想法。门罗抓住这一时机，于1819年与西班牙签订了《亚当斯-奥尼斯条约》，规定：美国从西班牙手中获得佛罗里达并划定双方边界，美国为此向西班牙支付五百万美元。
