绝不能忽视这样一个事实，那就是经历了庚子巨祸的慈禧太后已经意识到必须顺应潮流，这个潮流就是：危机四伏的大清王朝必须进行体制变革。一九○一年一月二十九日，尚流亡在西安城中的慈禧以光绪皇帝的名义发布《倡议直言》上谕，这个类似错误检讨书和变革宣言书的文件，不仅证明年老的皇太后依旧有着惊人的活跃思维和政治眼光，而且还显示出大清皇室试图挽救危亡命运的变革愿望。上谕表明确：“世有万祀不易之常经，无一成不变之治法”，“穷变通久”是中华典籍中早已阐明的道理，因为“大抵法积则弊，法弊则更”，变与不变的唯一衡准是“强国利民”。且这种改变如“琴瑟之改弦”，并不违反祖宗的规矩。过去康有为等人的行为，不是变法而是“潜谋不轨”，砍掉他们中间首要分子的脑袋是“锄奸于一旦”。之前的洋务运动等变法主张，也仅仅是在语言文字和制造器械方面效法西方——“此西艺之皮毛而非西学之本源”。“舍其本源而不学，学其皮毛而又不精，天下安得富强耶” ？那么，西学之“本源”是什么呢？是“居上宽，临下简，言必信，行必果”。在这番矫情而含糊的措辞之后，除了帝制体制之外，慈禧要求在官制、财政、军事、外交、法律、教育和经济等方面进行全面变革。至于国家积弊，上谕中的这段话值得细读：中国之弱在于习气太深，文法太密，庸俗之吏多，豪杰之士少。文法者庸人籍为藏身之固，而胥吏恃为牟利之符。公私以文牍相往来，而毫无实际；人才以资格相限制，而日见消磨。误国家者在一私字，祸天下者在一例字。贪官庸吏以文过饰非的往来文件当作遮丑之物和升官之道。
“私”足以误国。
“例”足以致祸。
在外国有权在中国国土上驻扎军队致使整个国家门户尽失的条约签订之后，在需要用三十九年时间还清九亿八千多万两赔款的条约签订之后，大清帝国的朝廷说出这番话可谓痛定思痛。
清廷的一系列变革行动史称“清末新政”。
一九○一年以后，中国近代史上所有重大事件的起因，几乎都与大清朝廷主持下的新政变革有关。
慈禧在推动历史向前迈进的同时，也为大清王朝的灭亡挖掘了坟墓。她的影响至今留存在中国各种各样的史书中不是偶然的，至少在如何维持帝国政权方面，她堪称一位有胆有识的女人。
“对于一个坏政府来说，最危险的时刻，通常就是它开始改革的时候。”法国人托克维尔在分析法国大革命的起因时说，“人们耐心忍受着苦难，以为这是不可避免的，但一旦有人出主意想消除苦难时，它就变得无法忍受了。当时被消除的所有流弊似乎更容易使人觉察到尚有其他流弊存在，于是人们的情绪便更加激烈，痛苦的确已经减轻，但是感觉却更加敏锐。”
“感觉更加敏锐”的国人最痛恨的，莫过于官吏无可救药的贪腐，孙中山将其归结为中国一切罪恶的根源：中国所有一切的灾难只有一个原因，那就是普遍的又是有系统的贪污。这种贪污是产生饥荒、水灾、疾病的主要原因，同时也是武装盗匪长年猖獗的主要原因……贪污行贿，任用私人，以及毫不知耻地对于权势地位的买卖，在中国并不是偶然的个人贪欲、环境和诱惑所产生的结果，而是普遍的，是在目前政权下取得或保持文武公职的唯一的可能条件。在中国要做一个公务人员，无论官阶高低如何，就意味着不可救药的贪污，并且意味着放弃实际贪污就是完全放弃公务人员的生活。归根结底的问题是：中国人到底愿不愿意生活在皇帝的统治之下？在这个帝制制度已经存在了上千年的国度里，这个问题的提出似乎显得有些荒谬。但是，深究中国人在文化和心理层面上对皇室和皇权所抱有的态度，却令人十分困惑。在中国人的皇权概念里，尊君思想不言而喻，如同凡事都盼望着清官一样，没有了皇帝的中国人不知道该向谁去跪拜，失去跪拜对象的中国人会因为没有了他人对自己的主宰而不知所措。但是，从古至今，罪君现象也存在于中国的传统文化中。每逢改朝换代，各种讨君檄文便会历数前朝皇帝罄竹难书的罪恶。中国人针对君王的词汇异常丰富，除了“东方旭日”、“天地通明”、“恩泽天下”的辉煌颂词之外，还有“愚暴冥顽”、“昏谬凶残”、“荼毒万民”的咬牙切齿。无论歌颂还是咒骂，中国人传统的皇权概念与“专制”或“民主”的政治理念无关。对皇权爱恨交加的中国人，就社会身份而言，似乎从来没有在乎过自己到底是臣民还是公民。因此，在伦敦的斗室内，绝望的孙中山曾对大清帝国公使馆的官员说：“我之为民，不过设议院、变政治，但中国百姓不灵，时尚未至，故现在未便即行。”——“百姓不灵”，中国的思想先行者得出这样的结论，足以印证中国近代民族觉醒的迟缓与艰难。
孙医生叛逆的理由或许是他学过解剖学——精通解剖学的医生不但比常人更明了人是一堆什么物质，而且还明白无论是皇帝还是臣民实际上都是一堆同样的物质。
在对人的认识上，科学与哲学殊途同源。
这就是大清皇室所有危机的根源。
虽然“百姓不灵”，但是先觉的知识分子已经看清了帝制的五脏六腑，中国近代史的演变由此复杂起来。
