周作人觉得梵文太难，担心学不好，所以去了两次，就中止了。虽然如此，章太炎先生强烈的求知欲望给周氏兄弟留下了很深的印象。他对佛学的潜心钻研也深深影响了周氏兄弟，他们若干年后仍然对佛教经典保持着极大的兴趣。周作人晚年在回忆录中说：
太炎先生以朴学大师兼治佛法，又以依自不依他为标准，故推重法华与禅宗，而净土真言二宗独所不取，此即与普通信徒大异……又欲翻读吠檀多奥义书，中年以后发心学习梵文语，不辞以外道梵志为师；此种博大精进的精神，实为凡人所不能及，足以为后世学者之模范者也。
文中所说“翻读吠檀多奥义书”一事，与周氏兄弟很有关系。因为此事，鲁迅对周作人很不满意，兄弟俩几乎要打起架来。事情的经过是这样的：
章太炎研究佛学，想参考几种外国的资料，有一天托人拿两本书到“伍舍”，一本是德国人著的《吠檀多哲学论》英译本，一本是日文的《印度教史略》，想请周作人译出来。周作人看了书，觉得德国人著的这一部很难懂，自己以往对宗教哲学没有涉猎，单能读文字，意义不能明了，无法译得好。于是，他跑到丸善书店，买了一些经文的英译本，看后感到有一些把握了，就同太炎先生商量，确定译本文。他曾计划拿书到章先生那里，自己口译，由先生笔述，但后来没有实现。周作人在回忆事情的经过时，说大约自己那时很懒惰，不想干事。再加上他和鲁迅同住一屋，房间窄小而气闷。大哥看他状态不积极，就一旁催促，他只以沉默消极应付。时光流逝，却不见成效。终于有一天，鲁迅愤激起来，挥动老拳，在他的头上打了几下。多亏许寿裳赶来，将两人劝开了。
这显出鲁迅性格中峻急的一面。
周作人在回忆录中说，如果这是为了没有译哲学书的关系，挨打是应该的，他不该那样拖延。
章太炎先生对魏晋文学的推崇深深影响了鲁迅和周作人。他在自述学术次第中说自己的文章经过几个阶段的变化，对魏晋文章的爱好是最终的归宿。他说：
余少已好文辞，本治小学，故慕退之造词之则，为文奥衍不驯。三十四岁以后，则以清和流美。自读三国、两晋文辞，以为至美，由是体裁初变。
又说：
雅而不核，近于诵数，汉人之短也；廉而不节，近于强钳，肆而不制，近于流荡，清而不根，近于草野，唐宋之过也；有其利，无其病者，莫若魏晋。
鲁迅一生在魏晋文学上用功最多，单是《嵇康集》就校了十几遍。
明白了这个渊源，就知道了为什么鲁迅和周作人终其一生，对章太炎都很尊重。这种学术上的传承关系虽然是旧式的，但使他们有了归属感，也有了高起点。
一直到五四时代，章太炎在学术界的影响仍在以各种形式存在。同古文派的斗争，实际上是部分太炎弟子同桐城派的斗争。钱基博在其《现代中国文学史》中说得比较明白：
初纾论文持唐宋，顾亦未尝薄魏晋。及入大学，桐城马其昶、姚永概继之；其昶尤汝纶高第弟子，号为能绍述桐城家言者，咸与纾欢好。而纾亦以得桐城学者之盼睐为幸，遂为桐城张目，而持韩柳欧苏之说益力！既而民国兴，章炳麟实为革命先觉，又能识别古书真伪，不如桐城学者之以空文号天下。于是章氏之学兴，而林纾之说斥。纾、其昶、永概咸去大学，而章氏之徒代之。
周作人也在回忆录里说：
那时太炎的学生，一部分到了杭州，在沈衡山领导下做两级师范的教员，随后又做了教育司（后改称教育厅）的司员；一部分在北京当教员；后来汇合起来，成为各大学的中国文字学教学的源泉，至今很有势力。此外国语注音字母的建立，也是与太炎有很大的关系的。所以我以为章太炎先生对于中国的贡献，还是以文字音韵学的成绩为最大，超过一切之上的。
这里对太炎先生的评价当然是很好，可是如果同鲁迅的评价比较起来，就会发现有相当大的不同。鲁迅一再强调章太炎的革命业绩，认为是最大的贡献。他在去世前不久写了两篇文章，其中一篇没有写完就停笔了。他晚年在给友人的信中谈及师道时说：
