伊川转向之后所表示的理路，一直要到朱子40岁中和参究论定，才真正明朗出来。这时距离伊川之卒，已经60多年了。朱子的心态几乎和伊川完全相同，但他走上伊川的路，却亦经过几番出入和曲折。如果就他自己后来所完成的义理系统为准，40岁以前的问学，都只是过程中的经历，算不得 的实见处 。40岁以后，才顺着同于伊川的心态，自觉地继承了伊川的转向，而开出一个新的义理系统。
但朱子所完成的系统，既与濂溪、横渠、明道的义理纲脉不相合，与先秦儒家的本义原型亦有距离。胡五峰的子弟门人虽受朱子之贬压，但接着陆象山即直承孟子学出而与朱子相抗。于是朱子、象山，加上五峰的湖湘学，乃形成三系之义理。到了明代，王阳明呼应象山，刘蕺山呼应五峰，宋明儒学的义理系统，遂全部透出而完成。
（三）
根据以上的疏别，可知分为程朱、陆王二系，并不能尽宋明300年的学术之实，亦不足以彰明其义理之全。
第一、平常所谓 程朱 ，实指伊川与朱子，这是以一程（伊川）概括二程，而明道的义理，在一般所讲的 程朱学 中根本不占分量，这是违悖学术之实的。明道在北宋儒学复兴运动中，是一划时代的英豪，有极其显赫的地位，如今反而变成无足轻重，此大不可。 程朱 一词，既不足以概括明道，当然名实不符。
第二、依明道，是即心即性即天。所以在明道的义理系统里，不但可以讲 性即理 ，实亦可讲 心即理 。但依伊川与朱子，则不能说心即理（因为心属于气）。因此，将明道与伊川朱子合为一系，在义理上是有剌缪的。
第三、胡五峰的湖湘学，实承北宋前三家而发展，可算是北宋儒学的嫡系。他开出的 以心著性、尽心成性 的义理间架，在儒家思想中实有本质上的必然性与重要性。所以500年后，刘蕺山犹然呼应 以心著性 之义，完成一系之义理。而宋明600年之学术，亦到此结穴而尽了它发展的使命。
因此，牟先生对宋明儒学之分系，作了如下之判定：北宋前三家，濂溪、横渠、明道为一组，此时并无义理之分系。三家以下，伊川朱子为一系，象山阳明为一系，五峰蕺山为一系。 这三系的分判，并不是先有预定，而是在层层的厘清中，一步步逼显而至的。这其中的关节，是在二程与朱子。
一、明道是宋明儒中之大家，但凭宋元学案中的明道学案，实在看不出明道学问的真面目，而二程遗书又多半没有注明哪些为明道语，哪些为伊川语，对于二程究将如何鉴别？牟先生思之再三，决定：（1）以二程性格之不同为起点，（2）以遗书中刘质夫所录明道语四卷为标准，（3）以二程先生语中少数标明为明道语者为规约，以确定出一个鉴别明道智慧的线索；又经再三之抄录对勘，最后将明道语录编为八篇，而挺显了明道的义理纲维。（关此，请参看《北宋篇》第八章第二节）。
二、明道清楚了，伊川亦随之而清楚，所以亦类编伊川语录为八篇，使伊川之思路朗然可见。而伊川之所以会有义理之转向，亦确然而可辨。
