公元1750年，乾隆皇帝派三千清军入藏，平定了这次叛乱，授命驻藏大臣和七世达赖共同管理西藏政教事务，并严格规定西藏重要官员的人选必须由清朝中央政府任命。利用这次平定叛乱的机会，乾隆进一步加强了对西藏地区的管理。
万福阁处在雍和宫的最北部，原来是雍亲王府的后罩楼，在雍和宫改建的时候，乾隆皇帝觉得这里太空旷，想修建一座高大的楼阁，却没有找到一尊能与之相称的高大佛像。远在西藏的七世达赖喇嘛听说了这个消息，立即派人寻找建造大佛的原料。恰好此时，尼泊尔王国从印度运回了一根高大的白檀木，七世达赖用重金换来了这根大檀木，由西藏出发，经四川走水路，运到了京城，献给了乾隆皇帝，用以报答乾隆皇帝的对西藏的平乱之恩。乾隆皇帝见到这棵巨檀木，非常喜欢，下令马上雕造佛像。乾隆十八年（公元1753年），中国最大的独木雕像弥勒大佛终于雕造完成了，这个佛像通高二十五米，地面高十八米，另外八米埋入地下。佛像的胸部在万福阁的二层，面部在楼阁的三层之上，站在地面，必须仰视才能看到佛像的面部，也表达了高深莫测的佛教意境。
《弥勒下生经》说，弥勒是释迦牟尼的弟子，释迦牟尼曾预言，弥勒要接替释迦牟尼的位置，替他主持来世，广度众生。弥勒通常以两种身分出现：一是未来佛；二是菩萨。未来佛的形象和释迦佛大体相同，而菩萨，则是戴着天冠的居士装束，雍和宫的弥勒大佛就是这种正统的菩萨造像。这个弥勒大佛，头戴五佛宝冠，身披菩萨装，双肩装饰着宝相莲花，代表着佛法的戒、定、慧、摩尼四种庄严之相。他两手结印契，象征着弥勒继承释迦牟尼在未来世界讲经说法，普度众生。
古印度信众认为，用丝穿起花瓣，花瓣就不会被吹散，把释迦牟尼的教言搜集在一起，就能永世流传。佛教传入西藏地区之后，藏族学者就把梵文的有关经论翻译成藏文，形成了藏文大藏经。在雍和宫法轮殿东西山墙的经架上，摆放着一层层的藏文大藏经。西墙是一百零八部《甘珠尔》经，东墙是两百多部《丹珠尔》经。《甘珠尔》也叫正藏，是佛祖释迦牟尼圆寂之后，弟子们六次结集记诵下来的。《丹珠尔》也叫续藏，是弟子们对释迦牟尼言教的注释和讲解，由佛教思想的注释汇集而成。
为了防潮和防虫，僧人们每年都要将这套大藏经翻看两遍，每次读完经之后都要用黄布包好，依序放置在经架上。这也是僧人们修行的内容之一。
在主持修建雍和宫之后，章嘉三世成为雍和宫的第一任堪布，他从蒙藏地区召来了五百名天资聪颖的年轻僧人，又请来了著名的活佛来雍和宫讲经说法，并创建了习修佛教教理和十明文化的四大经院。
