半年后，皇后武则天难产，祈求佛教佑护，提出所生孩子将皈依三宝，届时请玄奘为孩子授戒。玄奘启奏她必定平安，会顺利生下一个男婴。男婴生下后，皇室没有违背许下的承诺，由玄奘收为徒儿，玄奘为他起名佛光子。从此佛教在皇室中有了代理人，这就是后来的唐中宗。他虽然并未正式出家，但当上皇帝后，崇尚佛教，“造寺不止”，“度人不休”，可见玄奘的良苦用心。
在与皇室的交往中，玄奘除了不断争取对译经的支持之外，还一直在试图影响唐朝的宗教政策，但是这种影响并没有达到他预期的效果。虽然唐高宗在玄奘的一再陈奏之下，废除了当时以世俗法律制裁僧人的规定，但是调整佛道次序的问题始终搁浅下来。太宗没有解决的事，高宗是不会轻易插手的。
当初玄奘向唐太宗提出要在少林寺译经时没有被允准，十二年后他向高宗提出了同样的请求，再次被拒绝。在高宗看来，玄奘越是表现出志在出世、成就事业的宗教品格，愈是令人放心不下。此时的玄奘是位名振五印、誉满华夏，一旦入山修禅，三学齐备而四众归信，必然成为事实上的法门领袖。而将其困于京城内宫、皇家寺院，以译事相牵，以杂事相扰，以公卿与之交接，使其既无修定的余暇，又无行动的自由，法门领袖自然就徒有其名。
归隐少林成为玄奘终生没有实现的愿望。少林寺的翻译堂，玄奘仰慕已久，公元508年北魏宣武帝时，北印度高僧菩提流支和中印度高僧勒拿摩提，曾经联手在那里翻译出了《十地经论》，这样的翻译盛事一直是玄奘企图效仿的榜样。另外，当西行时染上的冷病越来越频繁地侵蚀他的身体，健康状况每况愈下的时候，玄奘想去少林寺的愿望就更加强烈。那里距离他的出生地仅十二公里，在生命进入晚年时，除了译经之外，他大概还希望进一步修习禅观，并“以此送终”，这个遗憾一直伴随他到生命的最后时刻。
在玄奘归来后的十九年里，几乎一半以上的时间都不得不周旋于宫廷之间，陪伴在皇室左右，但对玄奘来说，译经始终是压在心上的头等大事。十九年里，玄奘只有两个四年的时间用于专心译经。一个是在太宗去世后的四年，一个是自己生命的最后四年。八年的时间毕竟太有限，《慈恩传》中描述玄奘在慈恩寺四年的译经生活时这样写道：他“无弃寸阴，每日自立课程，若白天有事，务必兼夜完成。三更才眠，五更复起”。
玄奘在长安的译场有四处，它们先后是弘福寺译场、慈恩寺译场、西明寺译场和玉华寺译场，其中慈恩寺译场最为有名，也是唯一留存下来的。公元648年，当时身为太子的李治，为了追念十二年前去世的母亲长孙皇后，特意下令建寺。同年12月，寺院落成，太宗亲临现场，并举行了盛大的庆祝仪式。太子礼请玄奘任上座，同时将译场迁至这里。这座由皇室改建的寺院，占地将近27万平方米，规模宏大，建筑雄伟。今天的慈恩寺是原来建筑的一个院落——西塔院，占地面积仅相当于当年整个寺院的九分之一。
