大约在建寺后的一百二十年，劫难第一次降临到白马寺。
公元190年，时值东汉末年，以袁绍为首的势力从北、东、南三面边直压洛阳。盘踞洛阳的董卓力不能拒，胁迫汉献帝刘协迁都长安，为了断绝人们还回故园的念想，董卓下令把洛阳城周围二百里以内的宫室房室全部烧毁。白马寺连同洛阳这座当时世界上最伟大的城市，在经月不熄的大火中，不复存在。
这只是开了个头，从公元2世纪末开始，中国历史进入了一个分裂、动荡的时期。中原王朝衰微，这片以平原为主而缺乏天然屏障的自古繁华之地，注定要成为四战之地而饱受战火创痍。身处其中的白马寺并没有因为是佛门静地独善其身，而是成为这段历史的缩影和见证。
公元310年，一位精神矍铄的西域僧人来到洛阳。他决定到洛阳来建寺传法，可此时的洛阳在前汉大军的围攻下岌岌可危。于是他只能藏身于草野之中以观时变。这个僧人就是佛图澄。传说他当时已近八十岁高龄。敦煌莫高窟初唐第323窟北壁的壁画中，有一位袒露上身、盘腿坐在竹林河畔的高僧，正两手拉出肠子放入水里清洗，这就是佛图澄。据传说，佛图澄左乳旁边有一个小洞，直通腹内，平日他常用棉花堵塞小洞；把棉花拔掉，洞中发出的光亮使满屋子灯火通明，他就借此光诵读经书；每逢到斋日，他就到河边，把肠子从洞口掏出来，放到河水中清洗，然后再装进腹中。
后来佛图澄见到石勒，据说开头时也是露了一手神通而博得石勒的信服的。石勒建立后赵政权后，对佛图澄十分尊信，军政大事必咨而后行。佛图澄常用佛教教义劝导石氏施行“德化”，“勿暴虐”、“不害无辜”，并大力向民间传播佛教。
佛图澄年轻时精通医术，练过瑜伽，出家后持戒谨严，据传他活了一百一十多岁。
河北临漳居于太行山东麓，历史上曾先后成为曹魏、后赵、冉魏、前燕、东魏、北齐六朝的都城。公元335年，已过百岁的佛图澄在这里遇到了前来参学的僧人道安。两人的年纪差出近八十岁，可是佛图澄却坚信自己眼前这个其貌不扬的年轻僧人，日后必成大德。
因为长得黑，初入佛门的道安受到歧视，只有佛图澄只眼独具。道安认为持戒只注重形式是片面的，为了众生的利益，戒律是可以有“开缘”的。这个见解让当时的中国佛教界非常吃惊。后来菩萨戒传到了中土，证明道安的见解正是秉承了大乘佛教的宗旨要义。他对般若学有精湛的研究，而当后来真正完备的般若经传至中土时，人们不得不赞叹道安对佛法的洞见。
公元350年至公元365年间，在古代中国相当于今天河北、山西、河南、湖北的广大区域内，出现了一支规模并不算小的僧人队伍，在不停地迁徙以躲避战乱。他们衣衫褴褛，经常食不果腹，却纪律严整，每日修学不废，他们常常不得不躲入深山，却又不忘时时来到城邑村落传教布道。带领着这支僧人队伍辗转迁徙的，正是道安。十六年中，道安的队伍不但越走规模越大，还培养出了不少杰出的佛教人才。
