然后，两名执行宪兵转身退到第12级台阶上站住，一齐向克里尼密斯举手敬礼，其中一人喊：
“向主执行官报告，一切准备完毕！”
克里尼密斯说：
“明白。”
两人即转身目视土肥原。克里尼密斯按动电钮，绞刑台上的踏板当即“啪”的一声，翻向一边，土肥原贤二顿时两脚悬空，身体突然坠入黑洞洞的绞刑台的台座中。此时为23时凌晨零点5分30秒。
绞索旋转着，晃动了一会儿，又像钟摆一样左右摇晃了几下，便垂直不动了。两个执行宪兵走下台阶，锨亮绞刑台内的两盏壁灯，打开台座东面的门，与两名法医一起入内检验行刑结果。他们割断土肥原脖子上的绞索，把他平放在停尸案上，此时的土肥原面无血色，双目微闭，嘴里伸出半截舌头，颈脖前部被绞索勒破了一块皮。法医用听诊器听了听他的心脏和脉搏，见他已经死去，便让两个执行宪兵解下他的手铐，把尸体装进白色布袋，打开北面的门，将尸体抬到停在北门外的一辆卡车上，然后关上了北门。
这时，一名执行宪兵走出台座，正步来到监刑席前，举手敬礼，向监刑席上的各国代表说：
“报告诸位监刑官，土肥原贤二已于零点7分50秒死亡！”
中国代表商震先用汉语，而后用英语回答：
“谢谢你们！”
代表们接受战犯死亡报告，也是按照抽签决定的：商震接受土肥原贤二和松井石根的死亡报告；迪利比扬格接受东条英机和板垣征四郎的死亡报告。西波尔德接受武藤章的死亡报告，巴特斯克接受木村兵太郎和广田弘毅的死亡报告。
第二个被押上绞刑台的是东条英机。他在走到台中央时，一直显得比较平静，但当克里尼密斯按下电钮，他脚下的翻板翻向一边，突然两脚悬空时，却下意识地发出一声尖叫。他的死亡时间是12分50秒。
继东条英机之后，松井石根和武藤章相继被押上绞刑台，执行绞行。
随后，第二批被处死的坂垣征四郎、广田弘毅和木村兵太郎，一一被押上绞刑台。
绞刑于凌晨1时全部执行完毕，两辆美军军用卡车开出巢鸭监狱的大门，前一辆车上载着7个罪恶滔天的战犯的尸体，后一辆车上站着20名全副武装的美军宪兵。卡车穿过黑暗的东京城，沿京滨公路疾驰。为防有人劫尸，沿途实行戒严。
两辆卡车于三小时后开抵横滨市西区的久保火葬场，7名战犯的尸体火化后，骨灰被美军宪兵悄悄埋在火葬场一个不被人注意的角落里。
