当天下午，近卫召集夫人千代子、次子通隆、弟弟秀麿，举行了一次家庭会议，对他入狱后家中的事务做了安排。随后，他与家人及前来拜访的朋友作家山本有三、后藤隆之助、前任内阁秘书长富田健三等人共进晚餐。席间，他仍谈笑自若，未流露丝毫沮丧的情绪。
晚饭后，近卫送走了客人，便走进书房，很久没有露面。他的家人和秘书已熟知他的习惯，他走进书房后，讨厌任何人打搅。他们还以为他正在处理善后事宜，或是在写作。
16日凌晨1时，人们都已入睡，宅邸内寂静无声。就在这时，近卫走出书房，来到夫人的卧室，打开电灯，把夫人叫醒，要她把儿子叫来。
“这么晚了，叫他有什么事？”夫人疑惑地问。
“你叫他来一下，我有话吩咐。”近卫说。
当千代子喊来儿子时，近卫已在化妆台上摆好了纸笔。他表情严肃地对儿子说：
“你坐下，记录我的话。”
千代子这时才感到近卫有些反常。她神情凄楚地坐在床上，想听听丈夫要说些什么。
近卫开始了他一生中最后的讲话：
“我最感到惶恐不安的是，自中日事变发生后，由我所处理的政务之中，曾酿成若干错误。然而我不能忍受被捕及身受美国法庭审讯之耻辱。我尤觉对中日战争须负责任……”
1时40分左右，近卫口述完他的遗书后，回到自己的卧室，立即吞下了事先准备好的剧毒药丸。
清晨6时左右，千代子起床后，发现丈夫卧室内仍有灯光，觉得异常，连忙推门进去，见近卫躺在床上，已经死去。
盟军总司令部闻讯后，立即派军医和宪兵赶到近卫的宅邸。陆军摄影记者拍下了近卫死后的镜头。目击者见近卫紧闭的双眼呈紫黑色，脸上留着死前挣扎的痛苦表情。近卫的儿子坐在沙发上，既不哭泣，也不讲话，仅向美国宪兵交出了近卫的口述、由他记录的遗书。
近卫文麿服毒自杀后，日本某报曾发表评论，指责他懦弱胆小，竟怕剖腹太痛苦，而选择服毒这种窝窝囊囊的死法，丢了日本武士的“面子”。
