在这样的情况下，以前用来作为进攻的桥头堡的九边重镇就从战略前线转变成了防御的边疆。而在这种强化防守的大方针下，显得最为重要、最为紧迫的当属离北京最近的几个重镇了。而在离北京较近的几个重镇中，又以蓟门最为突出。它是北京的北大门，要想牢牢地守住蓟门，就必须由辽东、宣府、蓟州三州统一行动加强协调，形成坚固的防线，并借助山势有力地阻击北边敌人的进攻。
为此，戚继光提出建筑敌台的动议，也就是修复长城。其实，大多数明长城正是这个时候建造的。这项工程由于花费太大，遭到许多人的反对，但却得到张居正的鼎力支持。他认为这是设险阻、守要塞的最佳策略，立即予以批复。他还写信给谭纶，一再表明建筑敌台，设防固守，实行以防御为主的战略主张。经过两年多的施工，从山海关西到镇边（今昌平）的两千里防线上，修筑敌台一千余座，敌台下驻军屯田，遇有敌情，以烽火为号，群起抗击。同时，又对原有的长城进行整修，加高、加厚城墙，沿线植树设险。西自嘉峪关，东至山海关，绵延万里，有效地阻止了蒙古旧部的南下。但最终，清军就是通过这条森严而又充满艰难险阻的防线突然进入北京的。面对如此遗憾的历史结果，只能说张居正是一个务实的行政高手，但却并不是一个高明的战略家。
出身军人世家的张居正，深知强兵之道在于训练。鉴于军队的组织紊乱，军纪松懈，他大力支持戚继光展开整军练兵活动，将蓟镇防区分设十二路，根据蓟州的地理环境与作战的特点，建置车营七座，并配以骑兵、步兵进行混合训练，以积累不同兵种协同作战的经验。
但是，张居正作为一个南方大臣又要使用南方的将领，好多北方的士兵有些不满，不好好训练。为了鼓舞士气，激励北方士兵，张居正又派遣杭嘉参将胡守仁调来三千浙江士兵到蓟镇进行示范。这些浙江士兵刚到蓟门，才排好队准备训练，恰好下起了倾盆大雨，他们从早到晚，任凭风吹雨打，“植立不动”，“北军见之大惊失色，无不折服”，北方的士兵这才信服了，开始遵守军纪严格训练。隆庆二年（1568年），明军与蒙古朵颐部初次交手，大败酋长董狐狸，一时军威大振。
与此同时，张居正又在京城整顿军营，训练士兵，纠正骄惰之风。为了进一步鼓足全军士气，张居正准备策动皇帝举行一次大阅兵。要说动懒惰成性的皇帝举行阅兵典礼已属不易，却又遭到南京刑科给事中骆问礼的激烈反对，认为练兵不是当今的急务，不必惊动圣驾，这使得阅兵一事几乎搁浅。张居正并不气馁，再次上疏陈述，认为如今举国上下军备懈怠，如果皇帝不亲自出面，不足以激励将士，扬我军威。经过反复力争，终于得到皇帝的同意，于隆庆三年（1569年）在京师北郊举行了军事大演习，规模之壮阔，军容之威武，为历年所未有的盛况，有力地激励了士气、鼓舞了民心。
凭借敌台天险和提高战斗力的训练，明军在北方边境建立了一条坚固的防线。这是自明中叶以后，百年来中国人孜孜以求的盛事，在隆庆年间初步得到实现。而这一切无不归功于主持这项事务的张居正，没有他勇于力排众议，举荐任用在抗倭战斗中成长起来的戚继光等著名武将，并根据具体形势的转变及时改变战略重心，将明朝以攻为守的战略策略转变为以守为主的举措，这些都是不可能的，明朝也就可能会更早地走完其历程。
