1937年7月5日，军法会议一审判决在暴动中起领导作用的17名“首犯”以及支持暴动的北一辉及其门徒西田税死刑。其惩处的严厉程度远远超过了对此前历次政变军人的处理，明显地带有彻底根除“皇道派”及北一辉对陆军影响的意图。另有70名“少壮军人”被判处无期徒刑或有期徒刑。与政变有牵连或瓜葛的一批将领被编入预备役或被派往边远地区。7月12日，对首犯执行了死刑，据说行刑时，他们高呼“天皇陛下万岁”。随着“二二六”事件的平息，皇道派迅速瓦解，统制派完全控制了整个陆军和军部的要职。日本的法西斯运动此后进入自上而下地建立法西斯统治体制的阶段。
“二二六”事件后不久，天皇曾对侍从说过这样的话：“军人干涉政治这样的事情，实在是让人痛心之至，不过，政治家对此应负的责任也不轻。如果政治稍微务实一些，也就不会有让军人专横跋扈的余地了。”这次事件对天皇的打击是很大的，事件平息后好长时间，天皇都闷闷不乐。天皇曾在战后回忆道：“在张作霖事件中对田中义一所讲的话，以及在”二二六“事件中所采取的态度，多少有些违背宪法。”确实，在镇压“二二六”叛乱中，裕仁天皇发挥了至关重要的作用，再一次显示了他的政治影响力。这一事件从另一侧面也表明：天皇之所以不经常运用他的个人政治影响力，而依靠政府和军部的建议去行动，完全是因为他本人并不反对那些建议。而一旦发生特殊情况必须由天皇出面表态时，他就会毫不犹豫地运用他个人的威望和政治影响力来控制事态的进一步扩大。
“二二六”事件后，继任首相是军部同意的右翼组织“玄洋社”的主要成员、老牌法西斯分子广田弘毅。军队对继任内阁的人选进行了露骨的干涉，凡被视为自由主义和协调主义的人物，均被排除在阁僚名单之外。广田欲任命统制派的重要成员寺内寿一大将为陆相，但寺内以“在对时局的看法上，军部对广田抱有疑虑”为由，予以了拒绝，但天皇例外地给寺田一份敕谕，钦命寺内为陆相，并要求力戒军部的专横。寺田虽答应入阁，但对天皇的训诫却并未重视，也没有告诉军部首脑。
广田开始组阁时，天皇提出三个条件，一是依据宪法执政；二是以国际亲善为基本方针，在外交上要谨慎；三是财政政策和内政方针不宜突变。这是继犬养内阁后天皇第二次对组阁主动表态。
