秩父宫在关键时刻站到天皇一边，令整个皇室松了一口气。但秩父宫与叛乱事件的关系仍有许多未解之谜，许多重臣仍对他心存疑虑。“二二六”事件过去两年后，元老西园寺还对身边的人说：“若目前这种政治气氛一直继续下去，其结果很难预料。日本历史上也发生过许多令人厌恶的事。比如，神武天皇的后继者绥靖天皇就是弑兄君而后称帝的。这类事情在日本历史上不胜枚举。当然，这不是说现在的皇族中有这样的人，不过，今后对这种事应多加注意。”
28日，天皇一再催促，“地区居民撤退还需要多长时间？”“如果兵力不足，可以调动近县的部队”“如果增援部队不到，不能发动进攻吗？”“反正要尽快镇压！”在天皇的催逼下，犹豫不决的军部终于下了决心。当晚11时，出台了内含讨伐计划的“戒严令第14号”，戒严令称“反乱部队，若不服大命，当断然以武力恢复治安”。戒严令还命令各有关部队在次日上午5时之前做好攻击准备。戒严令发布后，近卫、第1、第14师团和近县的部队约25万人被调进东京将叛军包围起来，机枪已架好，坦克昂起了炮口，装甲车在来回示威，停泊在东京湾的海军军舰也将大炮对准了叛军的阵地。
眼看大势已去，唯恐自己受到牵连的真崎来到叛军之中劝说道：“各位如果继续坚持下去，势必成为皇军的罪人，我劝你们还是归顺吧！”说罢匆匆离去。
失去了皇道派上层人物的支持，叛乱军人没了主心骨。面对重兵的包围，他们意识到败局已定，如果继续抵抗下去，为天皇而举兵的名义就将失去，而且还要永远背负逆贼的骂名。想到此处，将校们相抱痛哭。根据栗原中尉的提案，山下少将含泪和川岛陆相奔赴宫城，向本庄武官提出了最后一项要求，为了证明发动叛乱是为天皇而战，请天皇派出钦差，在钦差监视下，以痛快的自裁光荣地结束自己的生命。
当本庄向天皇说明叛军的要求后，遭到了天皇的断然拒绝：“如欲自杀，任其自便，给这种人派钦差，真是荒谬之至。”过不多久，侍卫长再次就派遣钦差一事奏请天皇，但裕仁根本不予理会：“朕只能认为他们是为了私利私欲，才如此胆大妄为的。”
29日上午7时10分，戒严司令部命令三宅坂、赤坂见附、溜池、虎之门、樱田门一带的居民撤离。荒木、真崎两位大将为避免叛军部队遭到武装镇压，前往戒严司令部进行交涉，但遭到拒绝。戒严司令部的答复是：如果叛军继续违抗命令，部队将于下午1时发起攻击。8时，有战斗机开始向叛军撒投降传单，但传单随风飘荡，并没有落到叛军所在地。于是，戒严司令部改用播音的方式向叛军传达戒严司令部的“告士兵书”：“书告下士官与士兵：从现在起应各归原队，仍为时不晚；凡抵抗者均属逆贼，将予以枪决；汝等的父母兄弟亦将成为国贼，为此都在哭泣。”
在严冬中坚持了3天的叛乱军人此时已疲惫不堪，士气消沉。听到广播后，他们纷纷脱离叛军返回了原来的部队。策动叛乱的军官们见大势已去，也未加阻止。除野中四郎自杀外，其余军官全部在下午1时后投降，河野大尉后来在医院自杀。2时过后，陆军的杉山参谋次长和香椎戒严司令官进宫将平息叛军之事上奏天皇。就这样，一场史无前例的兵变，在裕仁天皇坚决镇压的方针下终于得以平息。
由于这场政变直接威胁到了天皇的统治权，因此，对叛乱军人的惩处也异乎寻常地严厉。3月4日，裕仁天皇发布敕令：“朕兹鉴于紧急需要，依宪法第8条第1项，批准成立东京陆军军法会议”，特决定“将其作为特设军法会议”。在成立军法会议之时，天皇极其严厉地讲道：“如果再采取像对待相泽中佐（青年军官，在陆军省用刀劈死军务局长永田铁山少将）那种优柔的态度，相反会后患无穷。因此这次军法会议的审判长及审判官一定要正确、严厉地处理这些将校！”在天皇的指示下，特设军法会议在非公开、一审制、无须辩护律师的情况下，对叛乱者进行了秘密审判。
