乃木总是让裕仁穿着普通的衣服。他曾吹嘘说，他和裕仁从来不知道穿贴身丝绸内衣的感觉。那时，裕仁跟随乃木学习相扑，裤子和袜子经常磨破，乃木便让裕仁补好后再穿。此后，裕仁改变了破了就换新衣服的习惯，常穿补过的衣服去上学。他还常对身边的女官说：“院长说了，衣服破了当然不能穿，但补好再穿，也就不算丢人了。以后如果衣服破了，就补好了再穿。”
此外，乃木每个月还要在院长室与裕仁谈几次话，有时跟裕仁讲自己在打仗时的经历与奇闻，有时给他讲一些作为未来天皇应有的品德等。
最令乃木担忧的是裕仁那瘦弱的身体和笨拙的举止，他认为这会妨碍裕仁将来正常履行天皇的职责。为此，他经常教裕仁相扑和游泳。冬天，他们到外地避寒时，乃木不让裕仁围着火炉烤火，而是让他去跑步，甚至让裕仁像自己年轻时一样，赤着身子站在冰柱下，直到他能控制住发抖的身体安静地站在那里为止。他还常常向裕仁灌输这样的观念：“凭借锻炼和意志，就没有改变不了的东西。”
为了督促裕仁的学业，乃木还经常亲临教室，检查教学。这使得性格内向的裕仁特别害羞和难为情，担心在回答时出错令院长失望。有一次正在上音乐课时，乃木走进了教室。裕仁向来对音乐和手工不感兴趣，任课的小松耕辅老师竟然指名让他唱《楠木正成》楠木正成（1294-1336年）是后醍醐天皇时的一名武将。他推翻了镰仓（北条氏）幕府后，天皇才得以重返京都，改年号为建武，故称建武中兴。后来日本历代统治者都将楠木奉为武士道的典范和楷模，甚至誉为“军神”。之歌。当时裕仁唱得虽然不是很好，却很用心。乃木不禁连连点头，感动得流下热泪。
在学习院期间，年幼的裕仁已将乃木“敬为神灵，尊为严父”，不允许身边的人称乃木为“大将”，而必须称“院长阁下”，以表示对恩师的尊敬。对于乃木的教诲，裕仁更是言听计从，并尽力做到使乃木满意。经过数年的锻炼，裕仁已出色地掌握了游泳技巧，并成为高于一般水平的高尔夫球爱好者以及同龄少年很难战胜的相扑手，自信心也大大增强。而这一切，都离不开乃木的教诲和影响。
裕仁小学时期的成绩并不算优秀，只能说是中等偏上。音乐和手工的成绩最差，国语、作文的成绩也不太好。教他历史课的大森金五郎教授曾向记者坦率地透露：殿下的成绩开始时不如他的弟弟（淳宫雍仁亲王），后经努力，成绩才算有了提高。但这种率直的谈话犯了忌讳，因此这位教授很快便被免职了。不过，裕仁勤奋好学，做事严格认真，一丝不苟，却也是事实。
其他成绩虽一般，但裕仁对生物却有着浓厚的兴趣。1913年6月，裕仁上六年级时，曾经毫不畏缩地抓住了一条菜花蛇。后来这条蛇被装在玻璃容器里，以他的名义送给了学习院，如今还陈列在生物标本室里。每逢暑假，同学们总爱拿着捕虫网在附近的山野里捕捉蝴蝶、昆虫。在盐原的行宫度假时，裕仁还曾在附近的田野抓到了一只附近一带很少见的、被称作“大紫”的大型蝴蝶。平时在制作标本时，其他孩子们只是将昆虫按图案摆得看起来漂亮一些就行了，而裕仁却要将标本认真地进行分类排列。这种小学时养成的爱好，无意中使他后来成了有名的生物学家。
