战略联盟是具有一定松散型、战略柔性的中间组织，在运行过程中不可避免地具有风险性，致使战略联盟的失败率一直居高不下。除了面临财务风险、市场风险、环境变化风险等，战略联盟的风险主要表现在以下方面：
①缺乏战略一致性。联盟合作各方在合作前就需要通过一定的机制确定共同的目标，这样才能在“共同愿景”的指引下，合理配置联盟各方的资源以实现竞争优势，而在实际合作中，有的联盟合作方依然只关注自身目标，忽略了联盟总体战略目标，导致资源分散甚至使原有资源和核心优势“衰竭”，直接影响联盟稳定性。
②机会主义风险。威廉姆森在分析交易成本时，提出了“有限理性”（boundedrationality）和“机会主义”（opportunism）两个假定。他认为，在现实市场条件下，人们因为信息的缺乏和市场的不确定性而难以做出理性的选择和判断，信息充足、条件有利的一方会利用这种优势投机和欺诈他人，导致交易成本的增加和利益分配的失衡。具有不同资源和核心优势的联盟成员，不能完全清晰界定其权益分配，而且成员之间可能产生阶段的目标差异和文化差异甚至产生冲突，很难培养和形成信任与承诺，同时，联盟中存在公共利益和私有利益的冲突和“搭便车”行为，这种冲突使企业可能通过机会主义实现自身利益最大化而损害伙伴利益。企业担心如果自身采取合作态度，而对方会采取机会主义行为侵害自身利益，所以会陷入“囚徒困境”而导致不合作，由此严重影响联盟效率。
③道德风险和逆向选择。由于企业在合作过程中的有限理性、信息不对称性、有意的误导、掩盖真相等，使得合作方无法全面真实地了解和评估对方的实际能力，从而出现道德风险和逆向选择等行为。道德风险是指企业利用信息不对称和其他误导手段，降低自己的专用性资产投入、人员投入或技术投入，从而以较小的成本投入获取较大的利益，这实质上损害了其他合作方的利益。逆向选择是指由于缺乏对真实信息的掌握，致使合作方中综合实力较差、贡献率较低的企业成为合作的主体，导致合作的效率和质量降低。
④信誉风险。信誉不但代表了过去的企业商誉和形象，同时也反应了未来的预期收益和隐性收益，所以信誉不但是社会学领域的范畴，更是经济学领域的范畴。信誉在给企业带来收益的同时，也在无形中提升了合作伙伴的声誉，所以信誉是企业合作的重要参考。有着良好信誉的企业更容易使合作方进行真诚的合作，而经常欺诈和背叛的企业会受到其他企业的排挤和报复。在战略联盟中，有的企业因为追求一时的利益或评估不足而选择信誉差的企业合作，影响了自身声誉，同时失去了与真正具有良好信誉的企业合作的机会，反而损害了长远利益。因而，选择合作对象时应该深入评估对方的信誉状况。
⑤缺乏文化兼容性。联盟文化是企业合作的“润滑剂”，同时也为知识转移、联盟技术创新创造了良好的条件。文化兼容性不但指企业文化、观念和核心价值观的相近性，还指对不同企业文化的融合性、包容性。在选择合作伙伴时，如果缺乏科学合理的评估，联盟企业间的文化、核心价值观差异过大或根本难以包容，就会导致管理和经营上的各种冲突，影响联盟合作的质量，所以应该在联盟中注重推进联盟文化的塑造。
⑥冲突风险。联盟合作方之间由于存在目标差异、信息不对称、利益分配失衡和机会主义等风险，会带来各种矛盾和冲突。这些冲突主要有根本性冲突（动机冲突）、契机性冲突（技术冲突、过程冲突和学习冲突）、复杂性冲突（组织冲突）。必须科学分析这些冲突的危害和效益，对于带有破坏性的根本性冲突和组织性冲突要建立预防和协调机制，而对于破坏性和建设性共存的契机性冲突要加强引导，以使契机性冲突向有利于联盟建设和提高合作效益的方向转化。
