战至最后，只剩黄兴一人，他被一个洋货店的小伙计雇船渡过珠江，在九点钟左右到了溪峡，摸索到贴了红对联、伪装办喜事的一个革命机关“胡宅”。在这里，他遇到了后来的妻子徐宗汉。黄兴四月初一搭晚船离开广州来到香港，徐宗汉陪同在旁。
起义失败后，广州革命志士潘达微收殓到牺牲的革命党人遗骸72具，葬于广州郊外的红花岗，潘达微认为“红花岗”三字不足以彰显诸烈士的悲壮志节，将此地改称“黄花岗”。这次起义因而也称为黄花岗起义。黄花岗起义纪念日被国民政府定为青年节。
黄兴在起义失败后写了这样一份报告：“发动计策，原以军界为主要。从前运动，只在新军。此次调度处之设，则兼及巡防营、警察。但警察无战斗力，巡防营自正月举办清乡，驻省不常，故仍倚新军为主。新军有枪无弹，所有仅备操时数响之用。则必先有死士数百发难于城内，破坏满清在省之重要行政机关，占领其军械，开城门以延新军入，然后可为完全占领省会之计。”
原来准备以广州新军起义失败后保存下来的第二标力量为主力。但是两广总督署事先得到情报，进行了严密戒备，将新军枪机全部收缴走。再由于革命党人计划的疏漏，最后成了只有一百多人的“死士”在城内进行毫无胜利可能的孤军奋战，并且这些死士多是同盟会的基干力量,而原来作为起义主力的新军都没有参加行动。他们的死，令孙中山非常痛心，他说：吾党精华，付之一炬。
广州““三·二九”起义失败，但只隔五个多月，湖北本土革命党人就在长江流域发动了成功的武昌起义，并且是以新军为主。
