发动第一次广州起义失败之后，孙中山被通缉，清政府给各驻外使馆发去电报，要求密切注意“要犯孙文”行踪——当时大家还叫他“孙文”，于是他遭港英当局驱逐，离开香港。1895年冬天，孙中山逃往日本，在这里，他的名气还不大。又去美国待了几个月之后，1896年9月23日，孙中山从纽约坐船启程前往英国。他去英国的目的，是为了找机会从欧洲回到香港或南洋，毕竟东方才是他的革命根据地。一星期之后，他来到利物浦。
孙中山好奇地打量着这个富庶的港口城市，但是他并不知道，在他踏足英伦的一刻起，清政府驻英国公使馆已雇佣一位英国私家侦探贴身跟踪他，因为驻英公使龚照瑗一周前就已收到驻美公使关于孙中山行踪的电报，这个侦探就是由清政府使馆参赞、英国人马格里出面找来的。虽然这个侦探时常在星期天早上失去跟踪目标，并在记录上认真写道“伦敦大雾，目标不见踪影”。但是驻英公使基本上了解孙中山在英国的一举一动。
孙中山到英国之后，拜访了他在香港西医书院求学时的英国老师康德黎。在吃饭期间，康德黎太太告诉孙中山，清政府公使馆就在附近。但是孙中山也研究了中英外交关系的有关政策，认为“钦差（指清驻英公使龚照瑗）在英无办犯之权，中国与英国又无交犯之约”，也就是说，两国没有签订相互引渡犯人的条约，更不要说是孙文这样的政治犯。
此后发生了震惊世界“孙逸仙伦敦蒙难事件”。关于此事，一个版本是当孙中山去教堂做礼拜路过使馆时，遇到三个中国人，被一左一右强行夹入使馆，即被绑架，这也是孙中山在《伦敦蒙难记》和此后的国民政府官修史书中的说法；另一个版本是是孙中山“自投清国使馆”，孙中山当时化名姓陈，他以为公使馆人员不可能认出他，就想进去宣传反满造反理论，几进几出，结果被自己怀表上的“孙文”字样给出卖了。无论怎样，孙中山已经被清公使馆控制。
使馆计划将孙中山秘密押回国内，10月11日，驻英公使请示北京总署：“密。孙文到英，顷该犯来使馆，洋装，改姓陈，按使馆即中国地，应即扣留，唯时解回，约颇不易 ，当相机设法办理，祈速示复，勿令英使知，并请电粤督。” 之所以“请电粤督”，是因为计划要把孙中山秘密押回广州。
北京总署回电：“能按国际公法扣留，英政府不问，固好。解粤应设何法，能免英阻，且必到粤，望详商律师。谋定后动，勿令援英反噬，英又从而庇之，为害滋大，切望谨慎。”
后来驻英公使和总署商定，计划花费7000磅专雇轮船运“要犯”回广东，此事由参赞马格里安排办理，马格里以要运一个“疯子”回国为由，开始和有关轮船公司接洽。
在清使馆工作的一个英国佣人帮了孙中山大忙。一开始，孙中山请求他帮忙，仆人不愿意，于是孙中山悄悄塞给他20英镑，仆人这才把孙中山的亲笔信送到康德黎家。在信中，孙中山直言：自己被挟持到清国公使馆中，公使要把他偷运回国，犯下的“叛逆之罪”足可以让自己身遭极刑。失踪多日的孙中山终于有了消息，康德黎先雇侦探在使馆外面监视，又分别向伦敦警察厅告发。警察厅查明清使馆已包租一条准备开往广州的轮船，马上报告英国外交大臣沙里士堡勋爵，同时派一些警察拿着孙中山的照片在使馆周围巡逻。
英国外交部最初通过私下渠道敦促清政府公使馆放人，但公使否认拘押孙中山。英国外交部重申清使馆擅自逮捕和监禁政治犯，超越外交官特权范围，已触犯英国法律，如不释放，英国政府将采取进一步行动。清公使馆回函：“孙文”是大清臣民，自动进入大清使馆，使馆是大清国的领土，英国政府无权干涉。
孙中山的老师康德黎和媒体频繁接触，《泰晤士报》《地球报》等英国主流媒体纷纷公开报道此事，在这些报道中，孙中山是受英国教育出来的现代医生，是一名虔诚的基督徒，是反对清国专制的爱国者，清使馆将把他送回北京酷刑处死。 一时间， “身陷伦敦”、“中国公使绑架事件”、“清使的非常行动”成为各报头版新闻。此间，不少英国民众自发前来公使馆周围，向其示威抗议。
双方胶着之后，驻英公使馆被迫让步，10月23日将孙中山释放。至于英国政府迫使清使馆释放孙中山，也有不同的说法，一说为英国屈于舆论压力出手相救，还有说是英国政府只是为维护在英人士的人身权利不受侵害，捍卫英国法治传统。
该事件很快在国际上传播开来，美国、澳大利亚、香港、日本、新加坡等地多家报纸和国内的《万国公报》《时务报》都转载刊发了有关的报道和评论。这一事件历时两周，“伦敦蒙难”成为当时震惊世界的政治迫害案，是孙中山一生的最重要转折点，使得他从默默无闻，一夜之间成为世界级的政治流亡人士。自此以后，在反对清政府的革命阵营中，再也没有第二个人能够超越孙中山的地位。
清政府虽然仍在计划援引国际法引渡孙中山回国，但是孙中山已经开始在用英文撰写“Kidnapped in London”（《伦敦蒙难记》）。康德黎资助孙中山50英镑，最终该书在英国布里斯特尔出版社出版，并被翻译为多国文字。
