起初，解释为什么利他主义和合作活动可能有助于适应性的各种论点忽略了这一事实：人类的进化伴随着各种能力的形成，包括推断其他人的私人状况的能力，每个人都希望视之为有价值的“自我”认知，还有同情感、羞耻感和内疚感的能力。人类按其生物学的本性会产生某种良心（ｃｏｎｓｃｉｅｎｃｅ），因而会帮助一个陷于困境的驾车旅游的人，或捐赠钱财帮助某次地震的受难者，尽管他们知道自己即使无视这些受难者的苦痛也不会受到惩罚。年幼的孩子会本能地把一个从远处玩球的一群孩子那里滚过来的球扔回去，即使这个持合作态度的孩子并不害怕因未给予帮助而受到报复。所以，很难理解为什么一些进化论的生物学家继续否认人类道德感中的这种成分，他们还是写道：“没有惩罚，背信就会盛行。”［２８］或许这些学者应该把更多的时间花在运动场上，减少待在图书馆里的时间。公元前４世纪时，雅典的犯罪率并不高，甚至由３００个奴隶组成的警察部门也很少逮捕某个人。
达尔文认识到，他关于人类从猿进化而来的论点不像他所希望的那样令人信服。他接受了人类的道德感是普世存在的事实，但他没能察觉道德冲动的适应价值，因而不愿赋予人类独一无二的特性，如同情、内疚和推断另一个人的状态。他指出人类的道德从猴子和黑猩猩的社会行为进化而来，他认为这个论点解决了上述棘手问题。
弗朗斯·德·瓦尔（ＦｒａｎｓｄｅＷａａｌ）是一个老练的观察黑猩猩的专家，曾看到过部分黑猩猩的社会活动。［２９］猿猴经常以某种似乎是帮助性的动作对另一种动物的显而易见的苦难或需要作出反应，可能还伴随着对其他动物的情况的某种移情判断（ｅｍｐａｔｈｉｃａｐｐｒｅｃｉａｔｉｏｎ）。一只黑猩猩用一条手臂搂着另一个处于悲痛中的黑猩猩的肩膀，促成这一行动似乎是因为它了解另一只黑猩猩的心理状态。然而，德·瓦尔很聪明，他接着说道，没有必要假定说该行为是被希望提供帮助的愿望激发起来的。虽然在黑猩猩和人类的行为之间有某种表面上的类似性，但黑猩猩是否能再更进一步，像人类那样能推断其他黑猩猩私下悲痛的情感状态，这一点并不清楚。所以，仍然存在争议的是达尔文的直觉，即人类的利他主义（ａｌｔｒｕｉｓｍ）和合作行动（ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ）是黑猩猩的社会行为进化的衍生物。刚刚产下一窝幼崽的雌鼠会衔回某只发出痛苦声音的幼崽，但这是否表示该鼠妈妈同情她后代的痛苦状态，则不得而知。
人类身上不太可能存在着利他的或合作行动的基因，但很可能许多基因有助于以下普遍存在的能力的产生：推断、同情、自我意识、“善”和“恶”之类象征性范畴的构建以及耻辱和内疚的感情。生物学家继续研究利他主义的遗传基础，因为这个概念指那些可以被计算的行为，而心理推理过程、同情、内疚和耻辱等概念在当前来说都是较难被客观量化的。一个在美国出生的妇女，她的母亲曾是大屠杀（Ｈｏｌｏｃａｕｓｔ）的一个受难者，要测量这个妇女的思想和感情是困难的，虽然我们可以估量她对母亲的情感认同，这增加了她发生严重的焦虑和抑郁症的危险。［３０］动物利他的行为中起居间作用的过程，与驱使人类利他行为的起居间作用的过程很可能是不一样的。这两个物种的某种行为看起来类似，但起调节作用的机制不同，这种情况称为拟表型（ｐｈｅｎｏｃｏｐｙ）①。鸟和蜜蜂都会飞翔，但它们飞翔能力的进化机制和起源不同。著名生物学家、现任美国国家心理健康研究所（ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＭｅｎｔａｌＨｅａｌｔｈ）所长托马斯·因塞尔（ＴｈｏｍａｓＩｎｓｅｌ）谈到了这种情况，称太多的科学家作出如下假定：“一只小老鼠（ｍｏｕｓｅ）就是一只小型大鼠（ｓｍａｌｌｒａｔ），一只大鼠（ｒａｔ）就是一只小猴子，一只猴子就是一个小个子的人（ｓｍａｌｌｈｕｍａｎ），所有这些动物都是研究反常行为的‘模特’……而他们忽略物种差异的行为，不仅使他们错失了理解机制的多样性的机会，而且还将注定任何想进行肤浅对比的人不会有什么结果。”［３１］因塞尔的警告得到了观察结果的支持，它们表明老鼠、猴子和人类继承的影响各种情绪状态的神经递质血清素（ｎｅｕｒｏｔｒａｎｓｍｉｔｔｅｒｓｓｅｒｏｔｏｎｉｎ）和去甲肾上腺素（ｎｏｒｅｐｉｎｅｐｈｒｉｎｅ）的基因图谱是不一样的。［３２］
——————————————————————————————
①拟表型指一种由于环境影响引起的、非遗传性的变化，但与由遗传决定的特征很相似。
