在这么一种氛围中，各地教案层出不穷。外国传教士干预教案的审判，免不了偏袒教徒，而教徒有的时候案前案后免不了仗洋人的势力欺侮非教民。当然，非教民也难免找教民出气。因为教民在地广人多的中国，就像汪洋大海里的几滴水珠，一不小心就被人间蒸发了。
据周锡瑞《义和团运动的起源》载，义和团兴起时，山东天主教徒有47221人，新教徒有14776人，而清末的山东人口，按户部统计大约是3千万，民教比例乃500︰1。所以，非教民逮个机会欺负一下教民，也不是很难的事。
总之，多种因素导致民教之间的仇视一日更甚一日。一些地方官动不动因教案而倒霉，一遇教案，要么偏袒教民一方，要么拖延不决。心底里自然也恨洋教，领事裁判权及与中国官员平级的制度下，外国教士居然跟外交官似的，也具有了类似外交豁免权的特权。教民呢，跟在其后耀武扬威。原先吧，不管啥民，只要是大清子民，在官老爷面前都得把头磕得嘣嘣响，老爷让他们抬头，他们绝不敢低头；老爷叫他们低头，他们绝不敢抬头。现在可好，他们不但不下跪了，有些人还咆哮公堂，直接跟官老爷论理论法呢。官爷的威风何在？所以，面对洋教，不只是民怨沸腾，连官怨都沸腾呢。因此地方官背地里暗暗支持村民与洋教斗，也不算稀罕。这样一来，传教士对地方官也不满意，常向总理衙门告状，搞得总理衙门招架不住，遂于光绪二十二年（1896）颁发了一个《地方官接待教士事宜》，把传教士的中国式品秩用条文固定下来，确认他们遇有教案，可转请公使或者领事，同总理衙门或地方官交涉办理，也可直接与地方官商办。传教士的特权更加合法化与明确化了……
纵观整个中国教案史，我们就会发现，义和团运动就是个特大教案。
下面我们看看，这个特大教案是如何从山东爆炸的。前面说过，山东义和团有三个重要组成部分。
第一部分，直鲁边界的梅花拳。起于鲁西冠县梨园屯拆庙建堂事件。早在咸丰年间，该村士绅曾公众捐款购买义学坡地，在义学后面建有玉皇庙，占地三十八亩。咸丰末年毁于兵祸，绅民无力兴建。同治八年（1869年）村中民教都要求公分义学公产，包括田地与宅地。全村近三百户，加入天主教者二十多户，村民分得三十多亩坡地，教民分得三亩宅地。教民分到宅地后即转让给法国传教士梁宗明，村民不依，双方多次打官司并引起冲突。
同治十二年（1873年），梁宗明在宅地上拆庙建立教堂，引起村民公愤。官司打到知县那儿，知县以同治八年所立地亩分单为依据，判决梁宗明胜诉。
光绪十三年（1887年），梁宗明欲重建教堂房屋，教民王三歪等试图扩充地基，再次引起村民公愤，将教堂拆掉重新建庙。双方又打起了官司，经过一系列波折，县令对村民一方的领头人王世昌等六人革除功名并施以监禁。经十八村绅老出面调停，双方协定：教民王三歪等情愿将教堂所占庙基归于该村为庙；村民等情愿另购地基为王三歪等新建教堂。这就是所谓的梨园屯第一次教案。
光绪十五年（1889年），新任教士欲摧毁当地人民对玉皇庙的偶像崇拜，重提同治年间的判决，希望在玉皇庙的地基上建立教堂。并且咬定教民已把该地基让与教堂、光绪十三年的调解教堂并不知情、教民无权代替教堂签订协议，所以不予承认。
