虽然如此，西方教会还是很激动，纷纷派员来华，云集香港，讨论进军中国及划分传教区域等问题。更要命的是，第一，归还旧址引起了诸多风波。因为牵涉到时间的变迁、主人的变换、房屋的修补及百姓的拆迁。比如北京东、西、北三处教堂的归还。政府无能，在这方面当然偏袒洋人，导致百姓感觉吃亏受冤，敢怒不敢言，心里憋了一肚子火。当然了，传教士也憋火，法国传教士的坟地正福寺被周边中国居民毁得一塌糊涂，遂要求中国政府捆绑几位居民前往正福寺“叩首领罚”。中国老百姓给中国官员下跪，他们不认为是侮辱，因为跪惯了，让他们给洋鬼子的坟下跪，天哪，那不太侮辱大清国子民了吗？大清国子民虽然在自己政府底下混得人不人鬼不鬼的，但是他们更没把洋人当人看，一直认为洋人鸡狗不如呢。所以双方自然种下仇恨的种子。
第二，西方传教士很富有牺牲精神，虽然明文规定不得进入内地，但他们还是纷纷潜入中国内地。导致中国政府防不胜防。按领事裁判权，抓起来也得好好的归还对方。如若对方不是好好的，比如法国传教士马赖私自进入广西西林传教，被咱这边的知县审问后杀掉，导致法国英国手拉手，发动了第二次鸦片战争。
第二次鸦片战争，中国依然失败了，相继签订了《天津条约》和《北京条约》，外国的传教自由进一步放开，在领事与中国地方官给予验照的前提下，外国传教士可进入中国内地自由传教。中法条约里更是被法国方面有意加上了“任法国传教士在各省租买田地，建造自便”的字样。光绪二十一年（1895年）中法之间进一步明确了传教士置产办法：“卖业者勿庸先报明地方官请示准办。”
除此之外，传教士出于职业的本能，还向中国传统伦理文化发起了挑战，不让教民搞偶像崇拜、祭祖拜庙等。同治元年（1862年），政府在外国压力下，颁布圣旨，规定“凡基督教徒均可免除迎神赛会等费”。这一来更坏了，迎神赛会求雨拜佛的费用，历来是中国百姓均摊的。有些人入了洋教，就豁免了这一切。其他百姓岂能容忍？
总之，从1844年到1911年的近70年间，共发生教案1639起之多，引起了诸多中外交涉，搞得中国政府焦头烂额，以致于负责总理衙门事务的恭亲王奕訢向外国人发牢骚：如果能把你们的鸦片与传教士请出中国，事情就好办了。问题是，鸦片乃中国人感情偏好下的自我选择，宗教乃西方传教士职业精神下的强力渗透，前者，中国政府禁不得，后者，中国政府拒不得。
那么教案到底都是如何发生的呢？我们先讲讲，什么样的中国人才入教吧。
中国人当时入教，大致可分作四种类型：第一类，真正的信教者。第二类，吃教者。就是太穷，信了教，可以得几吊钱的救济、吃几个馍馍、租些便宜的地，并且免费瞧病之类。第三类是混教者。中国传统眼光里的二流子败家子之类，本就是游手好闲不务正业之徒。信教之后，有了精神支撑与物质靠山，从此可以耀武扬威，鱼肉乡里。第四类，投教者。就是临时投机，遇上了官司、利益纠纷或者个人纠葛。临时入教，抱上教士这条粗腿，方便投机。
第一类第二类尚好，第三类第四类就坏菜了。它会导致诸多民教冲突。反过来讲，既使没有第三类第四类的入教者，仍会有民教冲突，只不过在数量与程度上会有些区别。因为，导致民教冲突的因素太多了。
