使节团成员进行了全方位的调查，从街道布局、市政设施，到老百姓的衣食住行，乃至戏场烟馆、青楼妓院、道观佛寺都有细致观察。
上海的卫生状况让他们不能接受，称其“粪芥路满，泥土足埋，臭气穿鼻，其污秽不可言状”“故上海每年炎暑时节恶病大行，人民死亡甚多”。
对于日本的这些使节，中国已经不再是“观光上国”“效法典范”，他们看到的是大清帝国的没落和腐朽，衰颓和老迈。高杉晋作特别洞悉到科举、八股是毒害中国士子的制度性病根，“口头尽说圣贤语，终被夷蛮所驱使”，这种体制使文人不务实学，空言道义远离了近代化所急需的航海、炮术、机械等实际技术。最让这群日本青年武士看不起的，竟然是当时大清帝国的军事。使节团成员峰洁，本是一名普通武士，他这样记录了感受：“在上海阵屋，见兵卒敝衣、垢面、徒跣、露头、无刀，皆乞食。”进而口出狂言：“如此士兵，我一人可敌五人。”这些日本武士由此论断：“一斑窥豹，清国病体，可从上海推及十八省。”
日本人素有强烈的民族自尊心，不可否认，这是其富国强兵对外扩张的精神动力之一。
但这种民族自尊心不加限制地、无休止地膨胀扩大，则变质为其弱肉强食的军国主义侵略精神。“千岁丸”来访中国，让日本由此对他的假想敌人大清帝国有了真切认识。
回国后，高杉晋作等使团成员将见闻发表，引起很多反响。
高杉晋作在《内情探索录》中沉痛指出：
“支那人为外国人所役，可怜，我邦遂不得不如此，务防是祈。”
对于清廷的积弱无能，助长了日本武士的那种盲目自大的骄傲，完全不再把往昔尊崇的中国放在眼里。
日本人以此为鉴，对于他们后来的维新运动，起了推进的作用。
正如日本史学家井上清所说：
“（高杉等人）发端于排外主义的攘夷，开始具有为保卫祖国而斗争的意义了。高杉本人早在1862年曾到中国上海考察过，目睹殖民地人民受难情形，非常痛心，因而从排外主义的攘夷派转变为保卫民族的立场。”
