然而，改革之路并不平坦，愈到终点愈发曲折。1898年，年轻的光绪皇帝身边一群包括康有为、梁启超在内的改革派提出了抱负远大的改革计划，涵盖教育、银行、工业、商业、军事和帝国政治体制各方面。但慈禧太后集结保守势力，阻碍改革。19世纪60年代以来，慈禧于同、光两朝垂帘听政，一直是中国实际的统治者。1898年，慈禧又重掌大权，将光绪皇帝软禁在中南海的瀛台。此举得到最保守的满族亲贵拥护，尔后官方又支持了席卷中国北方的狂热排外运动—义和团。拳民将武术和民间信仰的“降神附体” 结合起来，许诺信众在现代武器面前能够刀枪不入。他们最初的攻击目标是中国教民，因为不少教民倚仗外国传教士的势力在民教争端中占了便宜。1900年的华北大旱导致了义和团运动的发展，拳民向北京开进。此时，清廷保守的满族亲贵则希望借用义和团的力量，驱逐洋人。由于清政府的介入，这场危机很快升级为中国与列强之间的全面战争。
结果毋庸置疑是灾难性的。列强组织起八国联军，解救被围困的各国驻京使馆，镇压拳民，惩戒清廷。同时，拳民在北京攻击教民，也造成了可怕的间接损失。6月中旬，拳民开始焚烧教民的财产，但原本打算将火势限制在教民房屋的法术未能奏效，大火将北京前门一带的商业区焚毁殆尽。8月，联军抵达北京，实施报复，劫掠了紫禁城和亲王王府。他们还当众处死被指控的拳民，让观看死刑的民众排列整齐，以便外国摄影师取景。清廷“西狩”，逃至古都西安，与列强签订了丧权辱国的《辛丑条约》，约定支付总计4.5亿两白银的赔款，相当于清政府岁入的4倍。
尽管有许多人同情义和团的“扶清灭洋”，但绝大部分受过教育的精英却意识到，依靠拳民的所谓法术根本无法达到这个目的。同时，他们也认识到，清廷中支持拳民的主要是保守的满族亲王和朝臣；而拳民闹得最凶的北方省份，也无一例外是由满人担任总督或巡抚。相比之下，控制华南和华中的汉族督抚，则与西方列强达成“东南互保”的协议。在清朝政治体系内，满族与汉族的全面紧张关系此时初露端倪。华中一位英国外交官在谈到张之洞曾毫不掩饰对他透露自己的失望时说：“他和我认识的所有汉族官员一样憎恨满族人，因为后者对中国紧抓不放、坐吃山空，同时也因为他们不论是否胜任却都能被荒唐地擢升。”3
对满族统治者的憎恶在民众中传播得更为广泛，尤其是在南方，秘密会社的反满活动已有时日，且相当活跃。留日的学生中，反满刊物十分流行，清政府却无计可施。1905年，年轻激进派邹容死于上海的监狱，所著《革命军》成为青年学生广为诵读的小册子。他曾大声疾呼：“革命！革命！我四万万同胞，今日为何而革命？吾先叫绝曰：不平哉！不平哉！中国最不平、伤心惨目之事，莫过于戴狼子野心、游牧贱族、贼满洲人而为君，而我方求富求贵，摇尾乞怜，三跪九叩首，酣嬉浓浸于其下，不知自耻，不知自悟。哀哉！我同胞无主性！哀哉！我同胞无国性！”4这番话在日本和其他国家成百上千的激进出版物中引起强烈反响。
清廷在最后十年间进行了一系列全面的改革，称为“新政”。这既是为了回应青年中广泛流传的激进思想，也是因为掌权的官员认识到中国的政体、经济、军事和社会需要根本性的变革。影响极坏的庚子事变敲响了警钟，慈禧太后开始呼吁各方提出改革建议。列强要求流放或处死朝中最保守分子作为惩戒，由于这些人的剔除，改革变得相对容易。之后的几年里，传统科举被废除，代之以现代学校的新式教育体系。这套体系在很大程度上模仿日本，教授更实用、更通行世界的课程—除了必要的汉语、典籍和历史基础课程之外，加入了数学、科学、世界历史、地理和军事技能。军事系统也得到彻底改革，每省都训练“新军”，装备以现代的制服和武器，并采用现代的操练和后勤。国难当头，出版界和学校均倡导“尚武”精神，精英家庭的子弟则投笔从戎。对于长期崇尚以儒家“温良恭俭让”为美德的国家而言，这不能不说是重大的转变。从照片中，可以看到这一时期年轻士兵在制服、姿势、体态各个方面与此前清朝官兵长袍阔袖、肩膀耷拉的形象反差巨大。
