首先，明确政府定位，把政府职能转换到促进区域经济一体化的要求上来。全面推进政企、政资、政事、政府与市场中介组织分开，市场、企业、社会组织和政府各司其职。凡是能够由市场机制调节的事，坚决放给市场；凡是应由企业自主决策的事，一律交还企业；凡是能够由社会组织解决的事，积极移交社会组织管理；凡是应由政府承担的职责，要切实履行好。政府要把精力集中到落实国家宏观调控的政策措施，改善发展环境，推动经济发展，促进就业和社会保障，加强市场监管，规范市场秩序，加快社会事业发展，切实保护生态环境等方面上来，建设公共服务型政府。
其次，根据经济功能区布局和区域内经济社会协调发展要求，改革现有财政收支体制，完善政府考核奖惩制度。让地、县、镇行政主体转变发展方式，不要为赚钱而发展，因为这样的发展往往是破坏性的发展，饮鸩止渴不可持续的发展。而要在发展中去赚钱，只要是实现了又好又快的发展，或者说为整个区域内又好又快发展做出了贡献，即使在自己本行政区划内的具体发展行为没有赚到钱，也能获得其他行政区域的补偿以及上一级行政区域的划拨。对于领导干部的考核评价体系也要从这一方面着力。这样，地方行政主体就有了明确而科学的行为导向。
最后，在有可能的情况下，进行行政区划的调整和行政层级的改革。适应产业集聚、产业链协作的要求，适时进行区域内行政区划的调整，使得行政区划尽可能与经济区划重合。同时，本着减低行政成本，加大服务效能的要求，稳步进行地方行政层级的压缩，条件成熟的城市可以实行一级政府三级管理，改区政府、街道办事处为政府派出机构，实现扁平化管理。
