其次，科学分配新增利益，在公正的基础上构建新的利益关系。我们要研究如何分配因经济一体化带来的总体收益及补偿少数地方因一体化带来的局部利益的阶段性受损。鼓励区域内各行政主体可以本着共赢、共享的原则，以帕累托最优为标准，精诚协商，寻求各种可行的分配方式。如公共服务的有偿转让、税收分成、按要素分配等，这一方面保证了各主体间的公平、合理分配，更重要的是调动了各区域单元加强经济合作的积极性。
（二）充分发挥市场配置资源的主导作用，是破除行政壁垒的根本动力
如果说维护自我利益是行政壁垒出现的动因的话，政府职能的错位则是行政壁垒愈演愈烈的推手。
改革开放以来，我国以经济建设为中心，经济发展成为了全社会重中之重的工作。按道理讲，在社会主义市场经济背景下，经济增长与发展的主体应该是企业等市场主体。但由于我国社会主义市场经济尚在探索完善过程中，加之发展阶段的局限与特殊国情等因素，政府事实上成为了这些年来保证经济增长、推动经济发展的主体。在资源配置上行政的色彩很浓厚，甚至一些主要的、关键性的资源主要是依靠政府的行政力量而不是市场来配置。由此，尽管我国在理论上是全国一个统一的大市场，但在地方政府间竞争越来越白热化的背后，市场被分割了，市场的作用被淡化了。不仅做不到全国一个统一大市场，就是一个省级区域内都做不到统一市场，有的省份甚至在地级行政区域内市场都是分割的。
行政区划的划分依据是历史沿革和政治管理的便利，而经济区划则主要是由经济主体在市场力量的牵引下逐步形成凸现的，两者之间必然不可能保持一致。“断头路”在两市交界处戛然而止，雷同项目争相上马，政策资源恶性“压价”，这种种“怪象”从市场经济角度来看好像是不可思议的，但就行政运行规则来讲则是情理之中的。土地的使用、道路的建设、环境的保护既然都是由行政地区内部规划，当然不必放到整个大区域的全局来考虑。某一行政区划内的管理者基于地方利益和自身理性，为保全行政区经济而牺牲更大区域的经济协同甚至是一种“政治正确”的表现。在这样的情况下，珠三角区域内部各城市之间生产布局重复，产业结构同化、特点同化、职能同化现象不可避免，区域内产业相似系数肯定越来越高。
那么用什么来填补政府经济主体让位后出现的经济发展空白呢？答案是明确的，也是唯一的，这就是市场。事实上，区域一体化，错位发展，适度竞争，所有这些要求如果仅仅依靠行政运作，只能是一句空话；而依靠市场作为，则是必然选择。
区域经济一体化不是绝对意义上的同城化、均一化和扁平化，而是异中求同，求同存异，是在允许区域多样化基础上的更富层次性、互补性与合理性的整体区域利益最大化。区域经济一体化，实质就是打破行政区划界限，按区域经济原则统一规划布局、统一组织专业化生产和分工协作，建立统一的大市场，优势互补、联合协作，连接形成为一个利益命运共同体。这一任务只能依靠市场的作为。只有真正依靠并充分发挥市场功能，珠三角地区才可能通过基础设施、产业布局、城乡规划、环境保护、公共服务五个一体化构建城市规划统筹协调、基础设施共建共享、产业发展合作共赢、公共事务协作管理的一体化发展格局。
进一步看，让市场主导，就要自觉、甚至不自觉也必须强制要求按照市场原则进行。市场原则与行政规则是两套完全不同的规则体系。市场是不讲行政级别的。从市场角度看区域管理，必须淡化行政级别的因素，按照经济规模、人口等，分成大中小城市来给予地方相应的管理权限。比如珠三角一些镇，在经济总量、人口和产业规模等方面，已经远远超过其他地方的一些县级行政地区，就应该得到更多的发展权限。这样，才能更有利于各地区之间的分工合作。
（三）推进职能转换结构优化的行政创新，是破除行政壁垒的体制保障
破除行政区划的壁垒，绝不意味着淡化行政区划的作用和否定行政的功能。区域经济一体化发展将更加依赖于行政的支持与保障。当然这时的行政体制肯定不能是原有的运行模式，必须进行行政创新，改革和完善行政管理体制，实行职能转换和结构优化。珠三角地区利用好国家给予的科学发展模式试验区和深化改革先行区两把“尚方宝剑”，积极开展体制创新是区域经济一体化的关键举措。
