（四）机构设置：按照现代经济运行要求进行
政府改革所面临的一个非常迫切的问题是调整政府在经济运行中的角色。在现阶段，我们要切实把政府经济管理职能转到主要为市场主体服务和创造良好发展环境上来。政府的作用是为了弥补市场缺陷，不是代替市场作用的；是促进市场发育，不是阻碍市场形成的。这就要求政府的机构设置要按照现代经济运行的要求进行，以企业精神来改革政府，提高政府的运作效率把竞争机制引入政府服务的过程中，按效果业绩而不是按投入进行拨款，通过市场力量进行改革，建立以市场为导向的政府。
精简、统一、效能的原则，这是所有政府行政机构设置应遵循的基本原则，行政机构的设置更应力求行政效率，避免政府机构容易出现的规模膨胀、职能重叠、效率低下的综合症，既要廉洁，又要高效；要在尽量减轻国家财政负担的条件下，对市场行为实行最有效的规制。这就需要根据这一原则不断地规范和改革规制行政机构，注意精简机构，不断优化、简化行政程序，提高规制效率，实现规制目标，同时也要实现政府运行成本的低廉。
由于我国实行较长时期的传统的计划经济体制，事实上形成了中央政府领导下的省、地市、县、乡、五级政府体制。而且我国现行政府机构基本上是严格按行政级别、管辖面积、人口设置的，而不是按经济规模及经济速度定位的。从世界情况看，绝大多数国家设立中央政府和二级或三级地方政府。每一级政府层次的设立，必然有与之相适应的机构、人员来支撑，地方总人数是中央的12倍。因此要适应社会主义市场经济发展的形势需要，变官位、人为、全能设置机构为按经济规模、按产业和特色设置行政机构。同时，改革现行行政运行层次，由五级体制转变为四级体制，逐步取消掉地市这一层级。
（五）行政作为：接受社会的监督，透明公开
当政府决策不受审查、不可争论、不向社会开放的情况下，腐败的危险、公共资源被滥用的可能性就越大，社会中存在大量腐败现象无不与此相关。今后政府的法规、信息资源、办事内容、决策程序和结果、人事录用和任免都要公开。采取政府网络、采购招标、听证咨询、民意调查等方式，实现政务公开透明，从而对政府进行有效限制，使非法、利私和不当的行为无从实行。
第一，政府组织的公开。我国《宪法》规定政府由人民代表大会选举产生，各级政府定期向同级人大汇报工作，对人大负责。政府公务员的遴选与罢免无一不受到人民代表大会的全程监督。既然政府的一切事宜可以向人民代表大会公开，作为人民代表大会权力来源的全体公民，则更应该享有对政府事务的知情权和参与权。
第二，政府决策的公开。有专家指出，政府决策的非公开化，已经成为制约我国继续吸引外资的一大障碍。外商常常被我们的所谓“内部规定”弄得丈二和尚摸不着头脑，被罚款了、受惩处了，居然还不知道政府究竟援引了什么法律依据。如果多问一句，就会被告知是“内部文件”怏怏而归。而WTO的规则要求政府不仅所有的规定、决定必须公开发表，而且制定的过程也必须接受公众、企业的参与和监督。
第三，政府管理的公开。政府对市场的无序状态适时进行宏观调控是必需的，但政府的这种管理行为必须尽可能多地遵循市场的规律，遵循公开的规则。透明行政有利于市场信息的准确传播，有利于降低成本，有利于提高经济活动的效率。
（六）运转模式：决策、执行、监督部门分离
就完善政府权力运行机制而言，决策、执行、监督三权分离是关键。把现行一些政府部门集决策、执行、监督于一身的体制剥离开来，让有决策权的没有执行权和监督权，让有执行权的没有决策权和监督权，让有监督权的没有决策权和执行权，构建了分离制约又能协调运转的新机制。
这种新机制是遏制腐败源的一种新型体制，它通过合理分解权力，实现权力的有效制约，使决策更民主、科学；执行更透明、公正；监督更有效、有力。从现行的行政体制来看，大多政府部门集决策权、执行权、监督权于一体，权力过于集中，容易产生权力滥用、“暗箱操作”、权钱交易等腐败现象。而“行政三分制”就避免了权力过于集中在某一部门、某一环节或某几个人而导致失范的现象。通过建立权力分解、合理制衡的办法，形成决策、执行、监督的制约体制，实现权力的科学配置，规范决策权、执行权和监督权，使之又能成为相互协调的互动体制，让各职能部门各司其职，形成整体合力和制衡效应，从而达到防止公职人员滥用权力的目的。
