2006年由看守所转入监狱后，郑俊怀的生活条件大为改观。刘爱国曾向记者描述了他2005年1月8日在包头看守所会见关押不久的郑俊怀的情景：零下20多度的天气，郑俊怀站在会见室朝向关押区的窗户外面，手被铐在窗户的铁栏杆上。郑俊怀个矮，手高高举起。在看守所，郑与七八个犯人同住在一个十几平方米的"号子"里，大通铺，"吃喝拉撒睡全在里面"，遭看守打骂是家常便饭。在那里，没人知道郑是谁，即使知道，也未必有人关心。跟他的同伴一样，郑俊怀每天最盼望的是吃一包方便面(可购买，但数量有限制)。有开水当然最好，如果没有，他们就用自来水把方便面泡软了吃。
2005年12月22日，冬至，郑案第一次在包头中院开庭，郑吃到了进入看守所一年以来最好的两顿饭。 中午是炖牛肉米饭，晚上是伊利速冻水饺。据说水饺是审判长给买的：老郑，冬至了，没别的，我们给你买点儿伊利水饺(北方有冬至吃饺子的习俗)。
二审宣判后郑俊怀进入萨拉齐监狱服刑。在看守所待了一年零七个月，能够离开，郑感到兴奋，虽然是前往监狱。
在监狱里，郑原来的身份得到一些尊重。有一个堆放五金电料的仓库，管理库房的人不用心，教导员让郑俊怀来负责。管库本是监狱中的"优差"，得之不易。郑当时还在因病输液，咬着牙与另外两个犯人一起用了一个礼拜时间，将仓库整理得井井有条，物品分门别类，并贴好了标签。郑的表现得到狱方赞赏。半年后，郑服刑已满刑期的三分之一，按规定可以申请保外就医。郑有严重的胆结石，一直未手术治疗。他在监狱医院里住了两个月，医院院长对他说，你什么条件都够(指服刑期和病情)，别人能批，你不能批。
再回到监狱时，管库的职位已经被别人顶替。郑俊怀申请管理狱中的菜地。狱方对前伊利董事长会种菜表示怀疑。郑说："我爷爷我父亲都是一辈子种地，我小时候也种过。"监狱的菜地主要种植黄瓜和西红柿。郑知道庄稼人的体面，他种的地里没有一棵草。六七月份太阳正毒，郑看见自己的汗水流进土里。郑的想法是，既然保外就医不可能，就只剩下好好表现争取减刑一条路。他要回家。
郑的表现果然被记录在案，郑得以减刑一年。每天，郑可以从地里带回两根黄瓜和两个西红柿，慢慢享用，滋味甘美。不久，郑再获一年半减刑(按刘爱国的说法，减刑是因为郑发明了一个节水装置)。出狱的时候，管理人员对郑说，你走了，明年这菜谁种呀？郑回答：咋？我留下再种上一年？
据说，郑出狱后，他的减刑经过还遭到调查。既然郑的"敌人"如此厉害，怎么能允许他如此大幅度地减刑？刘爱国的解释是，为郑减刑完全符合程序，而且狱方也不会完全受人摆布。看来，无论"敌人"是否存在，郑的影响力都不能小觑。
