蔡元培认为人才难得，择才要从大处着眼，“对于教员，以学诣为主”。正像前述对待陈独秀一样，对于个别私行失检的人，只要不荒废功课和“不诱学生而与之堕落”，也不求全责备，但对于那些不学无术、德行又差者，则决不姑息迁就，不论资历不论中外，一律辞退。1919年前后，北大就解聘了好几个学问虽高而生活糜烂的教授，如当时北大有一品行不端的自号为“深艳团”团长的年轻英文教员徐佩铣，就被解聘掉了。另一些由外国使馆介绍过来的不称职的教员，也被蔡元培解聘。个别英藉教员胡搅蛮缠，先是要求续聘，被拒绝，继而又想敲诈两年薪俸，仍被拒绝，最后动用英国公使朱尔典威胁蔡元培：“我看你蔡元培还能做几天校长？”蔡元培一笑置之。另一法国教员竟要和蔡元培对薄公堂，蔡请王宠惠出庭，大获全胜，于是洋人不得不口服心服。
蔡元培的兼容并包思想更重要地还体现在对待各种学术文化思想方面，即思想自由、学术自由，这是他兼容并包主义的支柱和核心。正是有了这一点，囊括大典和网罗众家才有了实际的内容。他认为，学术上的各种派别，都是相对的，不是绝对的。所以每一种学科的教员，即使主张不同，只要言之成理，持之有故，就应该让他们存在，使学生有选择余地。“一己之学说，不得束缚他人；而他人之学说，亦不束缚一己。诚如是，则科学、社会学等，将均任吾人自由讨论矣。”他非常欣赏古人所说的“万物并育而不相害，道并行而不相悖”这两句话，主张对于教师，“苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校之中，两相反对之学说，不妨同时并行”，“此大学之所以为大也”。他在后来追忆在北京大学的经历时还说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听它们自由发展。”
兼容并包，不是随便说出并可以做到的，它反映了一种气度、一种胸怀，需要一往无前的勇气和必胜的信念。在新旧势力激烈交锋的当时来说，更反映了推行者对新文化的一种坚定的自信。
在政治舞台上摸爬滚打过多年的蔡元培，深知政治和学术的关系，因而能够把政治和学术分得很开。他知道学术不同于政治，其兴衰变迁，不能简单对待，知道海纳百川、有容乃大的道理，因而对于各种学术思想、主张之存亡消长，保持一种超然的态度。这种超然是一种大度，但决不是骑墙或和稀泥。蔡元培自己的学术观点鲜明，支持新文化运动的观点亦很鲜明，但作为一校之长，他没有简单地对待他所不赞成的东西，而是让它们在与新事物的竞争中自然淘汰。这种办法，比对不同观点采取简单批判、打倒的办法高明了许多。思想文化上的东西，并不是说打倒就打倒的，有的是打而不倒；或者一时打倒了，不久又活过来。简单打倒的毛病还有一点，就是对于旧事物合理的东西一时不易发现和继承下来，就像倒洗澡水把孩子和脏水一并倒掉一样，而新思想不能在与旧思想斗争过程中得到锻炼，发现问题。简单对待某种思想的做法，是基于一种对其他人不信任的心理，以个人或几个人的价值判断，代替其他人的选择，因而毛病甚多。
蔡元培的兼容并包思想，也使一些旧派教员折服。五四运动爆发后，蔡元培被迫辞职，当局欲找一些北大的旧派作些落井下石的文章，而向来大骂新派的黄侃却站在了挽留蔡元培的行列。他对人说：“余与蔡孑民志不同，道不合；然蔡去余亦决不愿留。因环顾中国，除蔡孑民外，亦无能用余之人。”黄老先生也应算蔡元培的知音。
