杰克逊作战非常注重保密，他的战斗计划连身边的将领都不清楚。杰克逊常说：“如果我能蒙蔽我的朋友，那么一定能蒙蔽我的敌人。” 他还经常引用腓特烈大帝的一句名言：“如果我怀疑我的大衣知道了我的作战计划，我一定会把大衣拿出去烧掉。”
杰克逊在第二次纳尔萨斯战役后，率领军队渡过波托马克河去占领北军的哈伯渡口。杰克逊指挥着部队占据城周围的有利地形，用大炮猛轰城内北方守军。南军入城以后，北方军的俘虏拥挤在道路两旁争睹“石墙”杰克逊的风采，不少人上前同他握手。北军的一个士兵说：“他真是貌不惊人，不过我们这边要是有他这样的能人，何至于败得这么惨呢。”
安特提姆战役以后，林肯终于对麦克莱伦的谨小慎微忍无可忍，愤然将他撤换，原波托马克集团军第4军军长伯恩塞德接任北军统帅。
1862年12月13日，爆发了南北战争最为有名的战斗--弗雷德里克堡战役。由于北军为发动此次战斗准备时间太长，给了南军充裕的时间布防。在弗雷德里的高地上，朗斯特里特指挥左翼，杰克逊指挥右翼。北军向杰克逊的部队进行试探性进攻，遭到猛烈反击以后就改弦易辙，集中优势兵力攻击朗斯特里特的左翼。伯恩塞德重演波普战役的拙劣指挥，到黄昏时分，其下属的军官不愿再看到手下的士兵继续伤亡下去，哀求他放弃战斗，这次战役因此成为1862年的谢幕战。伯恩塞德在这次战役之后不得不引咎辞职，波托马克集团军司令一职由胡克将军接任。
1863年春天，经过休整的波托马克集团军逐渐恢复了进攻能力。北军攻势的策划非常大胆周密，胡克将军断定：“本次战役的胜率在80%到100%之间。” 按照计划，胡克将军所率领部队调动到指定地点同李的南军对峙，然后留下少量部队牵制南军，主力悄然向西北方向运动，渡过拉帕哈努克河以后折向东南迂回到李的侧后发动进攻。与此同时，北军准将斯通曼率领一个骑兵军袭击南军的后勤供给。有趣的是，斯通曼曾经是杰克逊在西点军校的室友。
4月27日，胡克率领7万军队在钱塞勒维尔附近渡河，以小镇为核心占据了几个高地。北军的动向没能逃过李的眼睛，他立刻率军赶来阻击北军，留下厄利少将同北军对峙。有了前几次战役的教训，学乖了的胡克采用严阵以待的守势，企图利用坚固阵地和优势火力来取胜。
李将军面对优势北军，毅然决定冒险正面同北军对峙，暗地派杰克逊率部急行军20公里，迂回到北军防线的右侧发动进攻。5月2日下午，杰克逊的部队进入攻击位置。镇守北军防线右翼的是霍华德少将，这个军团一半的士兵是德国移民，因而大大增加了指挥的困难。霍华德未曾料到杰克逊的部队会在侧翼出现，其人马猝不及防，被打得溃不成军。入夜，杰克逊率领部队穷追不舍。当他骑马去视察部队时，不幸被自己的士兵误认为是北军偷袭的骑兵，遭到一阵乱枪射击。他的几个副官不幸中弹身亡，他的左臂连中三弹。
杰克逊受伤以后，南军将领斯图亚特接任杰克逊的职务，率领部队继续猛烈攻击北军防线，占领了钱塞勒维尔小镇，迫使北军不得不紧急收缩防线。北军赛奇维克军团早就应该发动进攻，但他直到5月3日才有所行动，可惜大势已去。胡克退守联邦渡口以后，李立刻调集主力进攻赛奇维克军团。北军不敌，不得不全线撤退，钱塞勒维尔战役结束。
钱塞勒维尔战役的失败对北方起到了沉重的打击，林肯像个老太婆一样喃喃自语：“我的上帝！我的上帝！这下国人该怎么说三道四啊！” 几个北军将领，包括胡克在内--因为拙劣表现被解职。但南军损失更为惨重，李失去了杰克逊这个左膀右臂。
虽然杰克逊受的并不是致命伤，但他实施截肢手术以后感染肺炎医治无效，于5月10日去世。躺在病床上的杰克逊终于从昏迷中醒来，当他得知还能活两个小时左右时，说：“很好，没关系。” 然后又进入昏迷状态。杰克逊的临终遗言仍然显示着其敬业为魂的本质：“让我们渡河到对岸的树荫下休息。”得知杰克逊去世的消息以后，一向沉着冷静的李怎么也无法克制自己的心情，他向在场的所有下属们失声吼叫：“杰克逊不会死！他不能死！” 他在战后曾经这样慨叹，“在葛底斯堡如果我有杰克逊，必能赢得战役。”
后来，谷地战役成为德国各个军校教授的经典战例，德国总参谋长、陆军大元帅毛奇认为：杰克逊在战役中的指挥艺术惊天动地。杰克逊之所以能彪炳战史，另一个原因是他无懈可击的德行。他是一位虔诚的基督教徒，朴实谦逊，完全靠个人能力和指挥艺术赢得官兵们的崇敬、信任。
