对于选拔人才，袁世凯也提出了建议：
各省督抚保荐人才，业经恭奉谕旨。至今省学政，虽专司文柄，而轩所及，周遍通省，接见官吏，考试诸生，此中才智杰出者，当不乏人。乃三年届满所保者，或有一二敦品绩学之士，而经济才艺能收实用者，从未破例上陈。此外，更有乞体遗老，关心风化，籍本土着，人性熟悉，较之督抚深居简出，寄耳目于人者，见闻尤为确凿，似宜并令周咨，俾阐幽发隐，广搜岩穴之瑰宝。惟滥保之咎，既有专条，而得人之赏，亦须审定。其规避处分，不肯访举人才者，尤须惩警，似宜详细审酌，另立举才款限，专条刊发各省，严切晓欲谕，俾各省遵守以期持久。
如京都国立馆院，凡各省选举人才，必饬令赴馆院，由督率之王大臣及提调等详加察核，并令同业者与之考较，如此则事皆实际，举尽真材，较之一纸送入，即畀以重任者，其疑信奚啻霄壤。
袁世凯对以前荐举人才存在的缺陷提出了批评，“而经济才艺能收实用者，从未破例上陈”。“经济才艺能收实用者”在当时，可能是处于社会末流，自然不会得到“破例上陈”，但袁世凯显然看到了“经济才艺能收实用者”对于国家建设的意义，遂专门点出，以示重视。另外，袁世凯建议设立馆院集中学习、谈论，这就类似后来设立大学集中培养人才。
科举制度对于“经济才艺能收实用者”最是不公，而这些人才，恰是当时国家富强的根本，于是袁世凯在万言书中进一步强调了实学：
词章之学，不能大俾实用……嗣后应请简派学政典试各差时，慎择讲究学时事者充其任，务饬特重实学。如所选之士，实学较多者，应请酌加褒奖，以示鼓励；其谨取章句者，亦略加申斥，庶本源既易，而天下向风，士气文运，自必随之更新，且从此一转移间，则寻章摘句之举，尽变为经济应世之才，其得失所关，殊非浅鲜。
为了切实选拔好人才，让一些精通西学的人才脱颖而出，袁世凯还建议采用新的选拔方式：
沿海一带，如闽粤江浙等省，聪俊子弟中，素习洋务西律，足以参赞交涉，及肄习格致化学，足以分任制造，又谙练陆军水师。足以教习管带者，诚不乏人。惟此等人素习简率，不谙官场仪节，故从不与长官来往，大吏知者甚少，即间有一二进谒者，亦因其质而无文，置之不论。似宜速订条规，刊行沿海各省，早定年限，令南北两洋、两广、浙闽大吏，妥议试规，择适中之海关道经办试场，廷聘名师，分西律、技艺、军务为三途，照童试例，取邻保甘结，择期开试，其身家不清，素有劣迹者，概不准入；得取者，亦列为生员，择正科之次年，由四省大吏延师秋试，次春会试。由生员而举人，而进士，均仿照文学乡会条规各色办理，但考取以进士为止。每次定额若干名，随时再酌量增加，均交新设馆院，分司学习，俾得量才授职，庶所事皆所学，渐收用人实效。至考试经费，亦由沿海各省大吏关道筹办，其阅试各师，先由承试官精择聘请，迨所取之士依次造成，即由新设馆院中择派督试，藉可鼓励后进，广拔真材。
