从发展的角度看，这个组织还面临着以下几个基本的矛盾。
一、扩容与目标集中的矛盾。
随着印度、伊朗和巴基斯坦进入该组织，不仅大大扩展了该组织的地理范围，而且还将该组织带入了国际“深水区”，使该组织面临着更为复杂的国际政治环境。
比如，印巴关系一直很紧张，虽然近来有缓和的趋势，但是对于这样的缓和，是不可寄太高希望的。再比如，伊朗核问题的走向目前还难以把握，存在着失控的可能。这些问题，都将为上海合作组织确立明确的目标带来困难。这三个国家成为上海合作组织的准成员国，为组织目标的形成和实现，带来了困难，为该组织的行动能力，带来了一定限制。例如，在发生诸如“颜色革命”之类的事件后，上海合作组织如何采取行动，就是很大的问题。
二、稳定与变革的矛盾。
上海合作组织十分重视地区稳定。它一再强调这个原则。可以说，稳定已经成为该组织成员或准成员政府的共识。目前对稳定的强调，还有着特别的含义。原因是在中亚地区发生了“颜色革命”，这场革命有可能进一步冲击哈萨克斯坦、塔吉克斯坦和土库曼斯坦，甚至俄罗斯也被认为有发生颜色革命的可能性。在颜色革命的冲击下，普京总统构想的“稳定弧”，有可能变成“革命弧”。
中亚的稳定符合中国的战略利益。不过，从面对“颜色革命”事件该组织的表现来看，在强调稳定的同时，还要为应对变革留下政策空间。对稳定的追求，不应变成对稳定的僵化理解。
应当说，中亚诸国，客观上都面临着实实在在的变革的内在压力。苏联解体以来，这些中亚国家，经济体制和政治体制，基本上没有进行改革。在要求变革的呼声越来越强烈的情况下，如果只是一味地主张稳定，忽视变革，那么，这个组织就有可能在变革出现时，被边缘化。一个国际组织，需要在稳定的目标和变革的目标之间，保持适度的弹性，否则这个组织将不会有活力。由于缺少预见性，也不可能长期生存下去。
三、大国与小国的矛盾。
上海合作组织是总部设在中国的国际组织，也是中国参与创立的国际组织。客观而言，在这个组织中，中国有条件成为主导国。
目前的迹象显示，中国与这个组织的关系，越来越与中国和东盟的关系（即10＋3模式）类似。在与东盟的关系上，中国并不谋求对该组织的主导，而是选择“小球推大球”的方式。由于上海合作组织特定的历史渊源，中国在其中特殊的身份，短期内还不可能按“东盟方式”来运作。但是随着扩容，随着印度等的加入，大国主导的局面，有可能出现一定程度的变化。中国有可能借用东盟方式处理同上海合作组织成员国的关系。
推动中国这样做的原因，是中国追求的基本目标首先不是主导一个国际组织，而是通过这个组织增进双边互信，加深与成员国之间的战略合作，确保成员国不成为中国在解决核心问题时的阻力。这是中国在该组织中的政策底线。这一政策显然是正确的。但是，在上海合作组织中，小国是否能够像东盟国家那样，设定议程？小国是否可以“玩转”大国？
