丁格尔议员对OSI的工作并不满意，仍然认为NIH没有能力调查学术不端行为。在他的要求下，OSI在1992年被解散，另外成立了“研究诚信办公室”（ORI），由卫生与人类服务部直接管辖。ORI继续调查伊马尼希－卡里案件，一直到1994年11月，OSI正式发布正文长达231页的调查报告，指控伊马尼希－卡里犯有19项不端行为，建议在10年内禁止她申请联邦政府的科研基金。随后，塔夫茨大学撤掉伊马尼希－卡里的助理教授职务，把她降为研究助理。
伊马尼希－卡里向美国卫生与人类服务部提起上诉。卫生与人类服务部组成一个三人委员会来听取上诉，其中两人是该部的律师塞西莉亚·福特（Cecilia Sparks Ford，任主席）和朱迪思·巴拉德（Judith Ballard），一位是从外面请来的科学家、匹兹堡大学医学院退休教授朱利叶斯·扬格纳（Julius Youngner）。这两名律师此前也在另一个学术造假案上诉委员会任职，推翻了ORI的调查结论，曾被批评为不懂科学。扬格纳当时已75岁，是微生物学家，而不是免疫学家。由这三个人来听取伊马尼希－卡里的上诉，让人怀疑是否能够胜任。
按美国司法系统，上诉法庭并不对案件重新进行调查，而是根据已有的证据做出判决。但是该上诉委员会却不顾OSI、ORI长达5年多的调查结果，重新启动调查，举行听证。他们不允许ORI在听证时出示其调查报告，也不允许出示以前的调查报告和在国会听证会上的证词。1996年6月21日，上诉委员会发布长达192页的决定，认为ORI没能以充分的证据证明伊马尼希－卡里有不端行为，推翻了ORI的调查结论，解除了对伊马尼希－卡里的处罚。塔夫茨大学恢复了伊马尼希－卡里的助理教授职务。目前伊马尼希－卡里是该校的副教授。
人们可能会觉得奇怪，难道刑侦鉴定结果还不够确凿吗？上诉委员会认为这些证据没有意义，不能证明伊马尼希－卡里造假，可以有别的解释。例如，上诉委员会是这么解释我们前面提到的那两处涉嫌造假的证据的：关于纸带上的字体、颜色、墨水不符的问题，上诉委员会认为也有可能是有人换了打印机、更换了打印机色带等等；而两条据称是隔天做的实验的纸带上的序列号相距很远的问题，上诉委员会认为可能是伊马尼希－卡里写错了日期，无视伊马尼希－卡里是把这两条很不连续的纸带当成一个实验的结果来用的，根本不是日期是否正确的问题。
上诉委员会认为伊马尼希－卡里没有造假的动机。这个认定也颇为奇怪。伊马尼希－卡里做这项实验的时候，正当她向国家癌症研究所申请资助、希望能因此在麻省理工学院晋升职称，迫切需要有重大突破发表一篇高档次的论文。
因此不难明白，为何上诉委员会在形式上已最终还伊马尼希－卡里清白，而实际上却没能使有关此案的争议从此平息。那些认为伊马尼希－卡里造假的人并没有因上诉委员会的判决而改变立场。巴尔的摩当初是以维护科学自主权为由而反对政府机构介入对学术不端行为的调查的，该案最终判决出来后，《波士顿环球报》发表评论称该案的结果让人进一步相信科学仍然有自我纠正的能力。认定伊马尼希－卡里造假的ORI委员会由5名科学家组成，而推翻ORI认定的上诉委员会由两名律师和一名已脱离科研的老科学家组成。难道科学的自主性是靠律师的文字游戏来保证的？ 与巴尔的摩同年分享诺贝尔奖的威斯康星大学教授霍华德·特闵（Howard Temin）是巴尔的摩的老朋友，一直关注此案，但没能看到这个案件的结局：他于1994年2月死于肺癌。他在1993年的一次谈话中，认为巴尔的摩也犯有不端行为：“巴尔的摩的不端行为是--当有人挑战你的实验，不管挑战者是谁，你都有责任做核查。这是科学铁定的规矩，你发表了论文，你就要为其负责。和俄国、德国和日本的科研截然不同的是，美国科研有一个强项，那就是，即使是最资深的教授受到最低级的技术员或研究生的挑战，也必须严肃地对待他们，考虑他们的批评。这是美国科研最根本的特色之一。”这其实应该成为所有国家的科研的根本特色。
巴尔的摩后来还牵涉进了另一起学术造假案。他于1997年到加州理工学院任校长。在此期间路克·凡·帕里斯（Luk van Parijs）在其实验室做博士后研究。帕里斯后来到麻省理工学院当教授。2004年，麻省理工学院根据举报，对帕里斯进行调查，认定他伪造实验结果，于2005年将他开除。有人发现帕里斯在巴尔的摩实验室做博士后期间发表的论文也可能有假。巴尔的摩辞去校长职务，并要求校方调查此事。2007年，加州理工学院认定帕里斯在该校工作期间发表的4篇巴尔的摩做为共同作者的论文有假，但是是他一个人干的，与巴尔的摩无关。
