为了作出全部所属特种部队的预算和项目计划备忘录，司令部要建立一套项目计划和预算的系统。即使有国会的授权，司令部发现要运行ＭＦＰ－１１非常困难。因为参谋力量不足，为完成这些任务，司令部采取了一些有效措施。１９８９年，空军完成、提交了第一份备忘录。１９９０年１０月，根据达福特的指示，司令部开始执行预算权。１９９１年，司令部开始全面负责实施计划项目备忘录，司令部能够自主地根据特种部队的任务要求和发展需要，来制定计划项目备忘录并予以实施。ＭＦＰ－１１的建立，使司令部能自行决定如何在特别行动的要求和计划方案之间寻找平衡点。
为了最有效地分配司令部的资源，唐宁将军建立了《战略计划步骤》，在萨通将军和斯古梅克将军的任期内，依然沿用这个分配资源的先后顺序。随后，由于资金越来越有限，司令部必须作出重大的调整，使有限资源发挥最大的效益。
首先，由于资金短缺，斯古梅克将军将司令部机关与其下属单位合并，这样做的结果，保证了特种部队总司令和下属部队司令（被称为“董事会”）共同决定资源的优先使用权在下属司令部执行的过程中不会发生改变。其次，由总司令主管资源分配能确保实施过程中的“忠诚度”，军事结构、准备、资源和战略评估中心制定了专门的程序，以监控预算是否按“董事会”的决定实施的。通过这些措施，斯古梅克将军确保把资金用在最需要的地方。
前些时，新上任的美国特种作战指挥部指挥官霍兰德已正式向五角大楼提出，将４ ７００人的特种作战部队增加９ ０００人，在２００４年１０月１日开始的５年期间，他需要２３０亿美元的额外经费。霍兰德的要求表明美国特种部队将向“特工化转型”，肩负在全球范围内执行打击“基地”和其他恐怖组织的重任。
五角大楼目前正在核定２００４至２００９会计年度的预算，预定１２月送交白宫。美国特种作战指挥部目前的年度预算是４９亿美元，占五角大楼预算的１．３％。霍兰德提出增加兵员数目的比例远远高于其他军种。他增加２３０亿美元预算的要求，将使特种作战指挥部经费在５年期间每年增加４６亿美元。这几乎比目前的正常经费多出一倍。
美军在阿富汗进行反恐战争后，虽然推翻了塔利班政权，但并没有消灭“基地”组织。１０个月已经过去了，逮捕“基地”分子的行动越来越困难。“基地”分子还和塔利班残余分子相互勾结，在阿富汗制造了大量恐怖事件。在世界各地，“基地”组织也在频繁活动，仅在“９·１１”一周年前夕，美国情报机构就接获了上千条恐怖活动警告，迫使美国政府把警戒等级从“黄色”提高到“橙色”。这使美国“大当家的”非常懊恼。美国国防部长拉姆斯菲尔德也不满意区域指挥官的表现，认为各地抓获的恐怖分子无论从质量或数量都不尽人意，他归咎于各军种各部门“指挥不当，协调不力”。
由于下一阶段的反恐战将会既激烈但也更加隐蔽，美国高层多次商讨是否把全球打击恐怖主义战争的指挥权，大部分划归特种作战指挥部。
拉姆斯菲尔德和特种部队指挥官霍兰德将军会晤，商讨如何加速逮捕或歼灭“基地”组织恐怖分子。当时，五角大楼力图低调处理这次会见，称这是一次“例行会晤”，就像拉姆斯菲尔德与其他高级将领类似会谈一样。实际上，在这次会见中拉姆斯菲尔德已向霍兰德吐露了他的想法。
９月上旬，拉姆斯菲尔德和美国军方其他区域指挥官在波林空军基地召开会议，专门讨论特种部队职责转移事宜。据悉，拉氏和特种作战部队高级指挥官都对这一改变“非常热衷”。这些高级军官认为，特种作战指挥部真正有了指挥权后，将在世界各地的反恐行动中大显身手。
指挥权改变后，美国中央指挥部指挥官弗兰克斯仍继续负责阿富汗的所有军事行动，弗兰克斯也指挥了对伊拉克发动的战争。而在巴基斯坦境内的特种作战部队指挥权移交给特种作战指挥部。
