但是，温伯格部长的决定并没有完全解决心理战和民间事务部队的问题。在史廷纳将军的任期内，他解决了另一个有关这两支部队归属的长期存在的问题。国防军的领导人认为，这两支部队只有在战时才归特别行动部队司令部领导，而平时应归属国防军领导。史廷纳将军经过艰苦努力，促使国防部１９９３年３月通过了一项决议，正式明确了这两支部队的归属问题。这一决定确保特别行动部队司令部在和平时期同样有权力指挥和使用这两支部队，司令部全权负责它们的军费开支、训练、装备和组织。
１９８７年４月１６日，海军创建了海军特别作战司令部，它的下属单位仅有海军特别作战中心（训练司令部）。海军第１特别作战队和第２特别作战队（海陆空三栖特种部队即海豹部队及特种艇部队）没有划归到特别行动部队司令部，因为海军方面认为这两个部门和下属部队分别属于太平洋和大西洋舰队，因此不可能划归特别行动部队司令部指挥。海军部长詹姆斯·韦伯和海军的高级将领们都认为，那样做的结果会使海军特战部队失去与舰队的密切联系。
林德塞将军坚持认为这些驻扎在美国本土的部队应该归特别行动部队司令部领导。他提出的理由是，海军特别行动部队与舰队的联系，不同于它们与专业特别作战机构相联系，特种部队司令部能够更好地发挥这些部队的作用，因为它们可以和其他的特种部队协同作战。１９８７年１０月２３日，温伯格部长把天平倾向了特别行动部队司令部一边，他签署命令：从１９８８年３月１日起，海陆空三栖特种部队（海豹部队）、特种艇部队和海军特别作战部队全部移交给海军特别作战司令部，到１９８８年１０月１日，这些部队由特种部队司令部全权负责。
空军第２３军是一个很特别的组织，它承担着两个不同但相互联系的任务：它归军事空运司令部（ＭＡＣ）领导，又作为特别行动部队司令部下属的空军单位。温伯格部长只把第２３军的特别行动部及下属部队划归特别行动部队司令部，包括它的后备国防军和空军特别行动学校。第２３军依然承担着ＭＡＣ的一些任务（比如医药空运、营救、气象侦察及其他紧急空运任务）。林德塞将军希望所有的下属单位都是同级别的指挥部门，因此这种设置就带来了一些问题。
最初，特别行动部队司令部希望第２３军只担负纯粹的特别行动任务，ＭＡＣ同意这个要求。林德塞将军最关注的是：他调整改革第２３军的计划必须通过ＭＡＣ才能实施，目前的行政隶属关系，对建立国会所要求的指挥司令部是一个阻碍。他认为，解决的办法是将第２３军升格为空军作战指挥部，空军参谋长兰瑞·威尔士同意了这个方案。１９９０年５月２２日，空军第２３军成为空军特别行动司令部（ＡＦＳＯＣ）。军费预算和项目发展，对国会和林德塞将军来说，ＭＦＰ－１１财政计划意味着特种部队在军费预算上拥有特权。尽管《努·考安修正案》所催生的ＭＦＰ－１１财政计划是专门针对特种部队的军费预算，但对法律条文可以有不同的解释，国防部的一些办公室认为，新的司令部不应该有自己的计划项目备忘录。林德塞将军和其他一些人持相反的意见，经过艰苦的努力，司令部终于争得了做预算和计划项目备忘录的权力。但争论一直在继续，直到１９８８年９月，参议员努·考安对国会的意图作了阐述：法律明确表明，特别行动部队司令部司令有权单独制定项目计划备忘录。同月，国会颁布了《公共法１００－４５６》，明确规定特别行动部队司令部总司令直接向国防部长提交计划项目备忘录。
１９８９年１月２４日，国防部长助理威廉·达福特签署备忘录，使特别行动部队司令部拥有基于ＭＦＰ－１１的预算权。随后，１９９０年１０月１日，国防部长办公室将ＭＦＰ－１１的选择权授予特别行动部队司令部。１９９１年１０月，又授予其对ＭＦＰ－１１的全部权力。至此，在美军历史上，一个兵种的总司令首次有权作出军费预算和计划项目备忘录。
