反恐战打响以来，美国特种部队承受了极大的压力。按照常规，特种作战指挥部一般将部署海外进行战斗，与留在国内接受训练和休息待命的部队维持在一半对一半的比例。为了完成反恐任务，特种作战部队已降低这一比例，２／３的人员已被派往海外。陆军的“三角洲突击队”和海军的“海豹六组”，都已在阿富汗战争中扮演了极其重要的角色。
除阿富汗外，美国特种部队在巴基斯坦、格鲁吉亚、也门、非洲和菲律宾等地都有部署，承担追捕和铲除本·拉丹的“基地”组织，以及其他恐怖分子的战斗。如此长的战线，已使他们显得人力单薄。国防部官员指出，特种作战部队最紧缺的是前线指挥员、通信专家和外语人才。
美国历届政府都将特种部队和中央情报局（ＣＩＡ）的任务明确分工，国会还设有监督机构。如今，五角大楼要求特种部队指挥部派遣精锐反恐部队“破坏和摧毁敌人资源”，甚至最终实现美军特种部队能够在那些“尚未与美国直接交战的国家”中更深入地参与长期性秘密行动。在有些情况下，美军特种部队将在“根本不通知当地政府”的情况下，独立开展“秘密剿匪活动”。
此外，尽管由于反恐战要求各部门通力合作，特种部队和ＣＩＡ之间的界限已逐渐模糊。虽然中央情报局长特内特宣称，自己不反对特种部队执行秘密任务的决定，但美军特种部队最终会执行传统上由ＣＩＡ执行的任务。
