从以上的简述可以看到，光明与黑暗对立的二元论、过去－现在－未来的三际论、最后的大战等教义，渊源可能是琐罗亚斯德教。摩尼教最高神伟大之父，已经高度抽象，不像犹太教的上帝干涉人间事务。旧约中创造世界的耶和华的角色在摩尼教中降低为由净风来扮演，净风在摩尼教科普特文史料中就被称为造物主。基督教中的耶苏形象在摩尼教中变得多元化了，主要表现为大神光明耶苏和光明使者弥赛亚耶苏，摩尼以耶苏的使徒自居。这些地方都可以看出犹太教－基督教的重大影响。
教阶和寺院制度
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教团内部通常分为五个教阶：第一，十二慕?，译云承法教道者（使徒）；第二，七十二萨波塞，译云持法者，亦号拂多诞（主教）；第三，三百六十默奚悉德，译云法堂主（长老）；第四，阿罗缓，译云一切纯善人（选民即僧尼）；第五，耨沙?，译云一切净信听者（俗信者）。这些名称的音译，出自中古波斯文，同时，这些教阶也能在希腊文和拉丁文史料中得到印证。摩尼设十二个使徒的做法，显然模仿耶苏的十二使徒。将信徒分为僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影响而形成的。
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教寺院中有" 经图堂一，斋讲堂一，教授堂一，病僧堂一。……不得别立私室厨库。每日斋食，俨然待施；若无施者，乞丐以充。唯使听人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，诠简三人：第一，阿拂胤萨，译云赞愿首，专知法事；第二，呼?唤，译云教道首，专知奖劝；第三，遏换健塞波塞，译云月直，专知供施。皆须依命，不得擅意。" 这套寺院制度，可能是摩尼在印度观察了佛教寺院以后，加以模仿而形成的。僧侣过的生活 相当俭朴，主要靠施舍乞讨为生，没有奴婢、牲畜等私有财产，共同生活，没有个人的私室、厨房、仓库。
根据帕提亚文摩尼教传教史残片，阿驮曾在罗马帝国建立一批摩尼教寺院。有的学者认为，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的发展。
摩尼教传入回鹘后，借其势力得以发展，唐大历三年（768）在京师长安立寺。以后陆续在荆、扬、洪、越等州、河南府、太原府建立寺院，直至会昌三年（843）被禁断。在查禁时，唐政府没收了摩尼寺的钱物，并严加看守，以防" 诸色人及坊市富人影占" 。这说明这些寺院已经拥 有相当财产，可能曾被粟特或回鹘商人用作货栈和钱庄。唐季摩尼教受迫害以后，转为秘密宗教，向华南发展，建立了一些寺院，如宋绍兴年间（12世纪）在福建泉州石刀山有一座摩尼寺；十三世纪在浙江四明有一座，后改名为崇寿宫，貌似道教寺院，但是仍然承认摩尼教苦行主义的戒律；元代在福建泉州府晋江县华表山建立过一座草庵，祭祀摩尼佛；在温州平阳有一座潜光院，为明教寺院。
1954年刊布的《回鹘文摩尼寺院文书》提到高昌、交河、唆里迷等三处寺院。由爱吾赤（管事）、慕?、依哈林、都督等管理寺院收入的派用。寺院有了殷实的经济基础，拥有土地，征收租金、布匹、粮食、水果，饲养家畜，使用各种工役。高级僧侣丰衣足食，处于特权地位，别居一室，下属不能随便晋见，吃饭有人侍候，可以对下属施行肉刑。这些与《仪略》的规定都有了很大不同。摩尼教从未成为居于统治地位的宗教，唯一的例外是在回鹘统治下，它取得了崇高的政治地位，有了经济特权，因此难免发生深刻的变化。
仪规
《下部赞》的" 此偈你逾沙忏悔文" 写道：" 於七施、十戒、三印法门，若不具修，愿 罪销灭" 。" 此偈凡至莫日与诸听者忏悔愿文" 中也有类似的文句。三印和十戒是摩尼教的基本 戒律。三印指口印、手印和胸印（东方文献中有时指心印），三印与十戒有联系。根据《群书类述》，十戒是：不拜偶像，不妄语，不贪欲，不杀生，不奸淫，不偷盗，不欺诈，不行巫术，不二见（怀疑宗教），不怠惰。口印即不妄语等戒律，手印即不杀生等戒律，胸印即不奸淫等戒律。三印、十戒是僧侣、俗信徒都必须遵守的。十戒主要从负面设限，不许信徒做这个做那个。
