王治馨被杀的过程也很有意思，从袁世凯收到夏寿康的报告，马上批复，然后由大理院开庭判决，宣告死刑，判决到执行没超过二十四小时，办理之迅速，前所未有。王治馨自己更是完全没料到，他在头天被抓进看守所，当大理院开庭时，王系坐马车前往，王一入门，觉得不太对劲，被告席上还有两人，也是贪渎官员案，先后判了五年和十二年徒刑。法官宣判，声音低小，但尚能听清楚。而到对王判决，法官起立，手持判决文书，读的声音很小，不但旁听人无人听得明，王治馨亦未听清。闭庭后，王问押解人：“到底我是判的九年徒刑，还是七年？”旁人不忍实告，也说未听清。出庭后，回到看守所，人问他如何判决，王回答“九年徒刑”，尚不知命已旦夕。判决后，司法部即赶办呈文，当日下午5点送到总统府，8点钟就批下来马上执行，回函送到司法部，总长已回公馆，他不敢耽搁，没行公函，直接电话通知将王执行死刑。其时王已睡着，从梦中被拖起来，王才知道大祸临头，魂飞天外，立即被绑赴德胜门外行刑场枪毙。民国枪毙腐败部级大员，王治馨是第一个。
如此迅捷，有一点儿灭口嫌疑，毕竟王在警界多年，谁知道他是否参与什么重大机密，但也有认为是袁世凯避免为王上门说情的举动。王在官场多年，人际关系盘根错节，赵秉钧的夫人曾上门为其求情，而袁世凯在批复死刑时，为王说情者正等在客厅，袁在批完后，才去见客，告知已经批办，无可挽回。王死后，袁世凯还施了小把戏，特批给王家属治丧银一千两，并允许将年俸全数支付，表示不忘旧情，恩威并用。不管怎么说，袁世凯也算反腐败动了一次真格，杀了个市长，但显然这种杀一儆百、选择式的反腐败效果并不大，制度改良还是根本。
