抗战结束后不久，经国和父亲回到溪口老家，安排工人修建毁于炮火的丰镐房及蒋家其他产业。12月，经国带着家人又回到溪口为母亲迁葬。经国的祖母王太夫人坟地居高俯瞰山色，母亲安息之地只是镇外一座小庙后方八尺的土冢。他遵循古礼，请名人给墓碑题字，老师吴稚晖受托，题下：“显妣毛太君之墓”，小心翼翼地不提死者和蒋介石的关系。据当天参加安葬仪式的艾启明说，经国痛哭流涕，哀痛逾恒。
经国经常到上海处理学生骚动事件。他在上海反制共产党校园活动，握有一项重要资产，就是上海有数千名青年军复员军人，尤其其中五百多人已转入大学念书，虽然可以动用此一群众组织强力对抗，他却不肯这么做。当时主持上海复员青年军联谊会的陈正卿，回忆起有一次经国处理复旦、暨南大学学生示威活动的情形。蒋经国指示陈正卿，把已转为大学生的青年军复员军人动员起来，号召复课。青年军复员之大学生如命集会，可是大批左派学生闻讯，组成人墙，挡住复旦大学校门，不让他们进去。蒋经国不仅没有下令突破人墙，闯进复旦校园，还指挥他们移动到虹口公园，听他演讲。蒋经国在演讲中强调，使用暴力阻止学生进入自己校园的是共产党，这充分显示“未来，我们在大学里还有许多工作要做”。
东北战事仍持续进行。蒋经国在8月和10月，再次接触罗申，否认国民政府走亲美路线，也再次提到中方与斯大林举行高峰会议的可能性。8月间，杜鲁门总统向蒋介石提出警告，除非和解有真正进展，美援不太可能持续。然而，国共停火还是无法持续。中共部队现在已改称“人民解放军”，国军在华北攻占由中共长久控制的两座主要城市。林彪的部队跨越结冰的松花江，攻击孙立人部队，旋即北撤。1946年12月，杜鲁门重申美国不干预中国内战的政策。美军陆战队撤出华北，马歇尔也回国就任国务卿新职。马歇尔离华前发表声明指称，美方调处失败是因为国民党“反动派”和共产党“激进派”掣肘之故。
1947年台湾爆发“二二八”惨剧，凸显出国民党根本上的弱点——大批高级官员把官职当做自己，乃至家人、部属发财的大好机会。日本自从甲午战争之后的1895年就抢走台湾，1945年9月，国军在一小支美国部队协助下登陆台湾，接管行政。台湾在日据时期经济繁荣起来，农业方面可以自给自足，工业也略有基础。虽然受到战火波及，港口和交通设施严重损毁，台湾经济比起中国大陆任何省份都要强得多。岛上居民百分之九十八为汉人，他们一向痛恨日本人的高压殖民统治，光复之初，非常欢迎国民政府来解救。
蒋介石派遣1911年起即追随他的陈仪，担任台湾省行政长官。六十二岁的陈仪，率领大批大陆人到台湾，接收政治、行政及安全方面的要职。大陆人也接管了公营事业，并立刻搜刮、自肥。极力帮助国民政府的魏德迈将军都说：国军的行为“有如征服者”。
2月28日，台北街头因为警察拘捕一名贩售香烟的妇女而引发抗议，旋即升级为动乱。陈仪认定乱事是台湾精英中的亲日人士，以及反对台湾回归中国的激进分子在背后煽动。蒋介石派出一支高级代表团到台湾，和地方领袖会商，并决定改组省政府。台湾各界匆匆组织一个台北处理委员会，也采取温和语调，收回早先提出的撤销台湾警备司令部、解除国军武装之主张。可是，街头的异议分子已失去控制，若干极端分子攻击政府机关及军警单位。 8
3月9日，国军枪决数百名为首者，在街头也屠杀数千人。这正是传统的杀鸡儆猴——“清乡战术”。（1995年，国民党为处理“二二八”事件过当正式道歉，承认遇难者高达一万八千至两万八千人之多。）3月17日，国防部长白崇禧率领一个由军政大员（包括蒋经国在内）组成的代表团到台北，调查事件始末。在台湾停留三星期之后，白崇禧发表一份声明，为陈仪处理事件之做法辩护。4月17日，美国大使提供一份观点全然不同的报告给国民政府主席蒋介石。隔了几天，蒋介石派出文人接替陈仪（译按，行政长官公署撤废，改为省政府，魏道明接任省主席），但是另派新职给陈仪。
