1938年4月，与蒋介石时合时分的桂系将领李宗仁，率部在山东第一次让日军吃了败仗（译按：即台儿庄大捷)。然而，这并不能阻止日军推进，蒋下令破坏黄河河堤。黄河决堤之后，大水阻滞日军好几个月，但是也冲走四千个村庄，使黄河改道，出海口本来在山东半岛北方，变成在山东半岛南方。夏末，日军沿长江流域深入，进袭武汉。苏联军机猛轰武汉周围日军阵地，火力薄弱的国军亦英勇展开保卫战。7月，日本要求苏联部队撤出中、苏、朝鲜边区，声称这块地区属于满洲国领土。日本皇军开进这片争议地区，不料苏联远东地区红军部队告捷，击败日军，这也算是日、俄交战中俄国备尝败绩的一个历史转折。
10月25日，日军终于占领断垣残壁的武汉，蒋委员长已在长江三峡上游的重庆，建立抗日陪都。同样在10月间，日军占领广州，切断国民政府的海上通路。蒋介石继续对散布在各地的部队实施统帅权，可是派系斗争已经使得国民政府旗下三百多个实力不足的师级部队，不能有任何重大整合。战争进行了一年，日本已屠杀两百万中国军民；北起东北、南迄中、越边境、占领一百五十万平方公里土地，破坏许多城市，也摧毁中国的工业和基础建设。
1939年3月中旬，日军第一○一师已推进到距南昌数英里的城郊。难民及政府公务员眷属开始往南疏散。熊式辉下令保安司令部的新兵督练处迁到南边的赣州。南昌在3月27日弃守，几天前，经国一家人坐上军车南撤，一路上尽是流离逃难的长龙。方良紧紧抱住襁褓中的孝章以及三岁的孝文。
江西南部山区的章水、贡水合流，成为赣江，就在两河汇合处有一块平原，赣州城在此矗立。经国一家抵达时，赣县人口大约十万人，城里一条大马路南市街，两旁是经年累月炊烟熏黑了的砖房。黄包车在石子路上颠簸，街上还有一座九层宝塔。
蒋家住到俯瞰赣州城一座小山上的西式洋房。蒋经国的新职是第四区行政专员兼保安司令；这块统称赣南的第四区，涵盖整个江西南部十一个县，人口约两百万。这块地区长久以来受到桂系军阀和地方土匪的控制，非常贫困落后。12
蒋经国邀请几位过去在莫斯科中山大学的同学，到赣南专员公署帮忙。其中之一是黄中美，中大同学认为他曾经替苏联特务机关当内线。黄中美出任经国的主任秘书，兼负成立情报网的任务。周百皆和俞季虞两个中大同学，出任科长，另一位同学徐季元则担任缉烟科科长。13自称曾被下放到西伯利亚劳改营的旧托派分子屈武，也到赣州任职。14同时，蒋介石命令他在黄埔军校的得意门生胡轨，也到赣州辅佐经国。蒋经国指派胡轨担任三民主义青年团江西支团干事长，日后胡成为小蒋亲信股肱。
蒋经国奉派行政专员新职之后，立刻有系统地遍访辖区各个角落。他每天走八十公里，不久就走遍一千五百公里，到处与农民、商人、公务员、文艺人士和难民交谈。可是，所到之处并不是人人都欢迎他。傲慢的地方士绅难掩轻蔑之意，对他疑心十足。奸商不理他，照样经营赌场、鸦片馆，深信已经打点好的贪官污吏会保护他们。乡间强盗拦路行抢，各姓宗族不时互相械斗，老百姓久经欺凌，已经心如死水、漠不关心。
蒋经国认为恢复地方治安是第一要务，定下为期一年的“扫荡行动”。熊式辉应他之请，把赣南已有三千兵力的保安队再扩编；经国另外又成立一个有六百名兵勇的自卫队。不过，他对付土匪是剿抚并用。有一天，他率领几个随从，不携武器，只带几瓶好酒，亲到崇义山区找土匪头子周盛连。周某有如水浒中人，以拦路抢来的钱赈济地方穷人。周某告诉蒋经国，是地方上的贪官逼得他走上梁山，落草为寇。酒过数巡之后，蒋经国提出过去一切罪行既往不咎，请周放弃不法行为，跟随他一起做好事。周某大受感动，同意只要经国在赣南做行政专员，他一定不为非作歹。总共有三十四名土匪头子接受招安。15据报道说，到了当年年底，共有五百四十一名土匪自首，经国指挥的各路警力也逮捕了两千两百四十六名盗匪，处死若干重犯。
