自由板垣遭难的第二天，参议山县有朋即将此事奏上明治天皇，故朝廷就派遣敕使慰问，并传达圣旨，颁赐金三百元。自由党员之中，有人以为刺客是藩阀政府所嗾使，所以敕使的派遣是政府的安抚政策，总理应该坚决谢辞。然而，板垣一闻敕使前来，即从床上抬起痛手正襟危坐，对其党员说："事达圣闻，皇恩及于微臣，何能谢辞!"这时板垣落泪两行，表示至忠至诚的心意，于是聚集在板垣周围的党员，见其勤王的神态，无言地一个一个走散了。
日本的自由民权运动，可分为"上流的民权说"和"下流的民权说"。板垣退助等主流派，从组织爱国公党时即主张"士族、豪农、豪商"才有参政权，故属于"上流的民权说"。相对地，大井宪太郎等从当初就主张普选制，全国人民都有参政权，故属于"下流的民权说"。由于自由党的成立，自由民权运动从士族层的政治运动脱皮，加入了豪农和手工业工厂主的阶层，甚至中农或贫农的阶层，而有国民运动的形态。但是不久，板垣等主流派开始与官僚派妥协，而"下流的民权说"也就趋向社会主义运动了。
板垣遇刺的1882年秋季，这位自由党的总理，就传说被政府收买，以政府的资金出国游历西洋，当时自由党党员及舆论，对其出国经费的来源加以责难。板垣不在乎党员们的反对，出国漫游，与当时在欧洲考察宪政的伊藤博文和西园寺公望交换草拟大日本帝国宪法的意见。
这时下流民权论者，在国内发动反政府运动，如福岛事件，高田事件，加波山事件、大阪事件等，不断地兴起打倒藩阀政府的气焰。政府方面也就以谗谤律、集会条例，出版条例，来加强言论集会等自由的取缔和限制，而形成政党受难的时代。板垣从欧洲游历回国后，即倡言解散自由党。板垣在其解党演说上，引用汉朝老将军马援，跨马鞍上盻顾，以示其犹可用的故事，以喻他本人如此尽言论、劳心思、荡尽财产，伤害身体，而未尝屈挠，尚能骑马健在。然而他接着说："死生无常，旦夕不可测，强健如余者，又何足为赖，人云死而后已，若余不幸而死，乞诸位将我坟墓，湮没于秋草茫茫里。"前引《自由党史》，下卷，287289页。自由党的生命，仅三载即结束，板垣随后渡海归卧故里高知。
拜受伯爵
自由党宣布解散后，自由民权运动并没有消沉，反而日趋激烈，民权各党派即兴起反政府统一运动的趋势。随着民权派的"大同团结运动"的高涨，板垣也就不甘寂寞，于1887年到大阪，参加全国有志者大恳亲会。政府为抑压及分裂此运动，于同年5月9日授伯爵给板垣退助、大隈重信、后藤象二郎、胜安房等维新的功臣。在主倡自由民权的板垣授爵的消息传开以后，旧自由党的人士之间，纷纷发出应该固辞授爵的议论，连《国民之友》杂志的主办人德富苏峰，也发表一篇《授爵谏止》的文章，加以反对。因为贵族制度和主张平民主义或四民平等的自由民权精神相违背。板垣虽然感泣圣恩，但也呈上《辞爵表》。
板垣的《辞爵表》奏上明治天皇后，天皇再度传达圣旨，谕其接受伯爵作为其维新勋劳的赏赐。于是，板垣陷于进退两难的苦境，一是其忠君爱国之情唯恐背悖圣恩，一是接受荣爵将违反其平生所倡导的自由民权主义，因此为之寝食不安。这时，旧自由党员频频迫其辞爵，而政府当局也暗示如果板垣再拜辞则视为背悖敕令的"朝敌"。板垣终于在7月15日，呈奉《拜受书》，于是这位自由民权论的首脑就成为伯爵了。
板垣自此以后，开始高倡"一代华族论"，在其遗书上也写上："为了贯彻生前的主张，决不申请袭爵"，但无论如何，这与他平生所主张的撤废特权阶级的思想，有点抵触，民权派的激进之士也就逐渐离开他而去。
