民权派的大同团结运动分裂后的1889年，板垣上京企图调停各党派的政治结合，以备翌年的国会开设，但是并不如意而没有什么结果。板垣不得已，于1890年再行组织爱国公党，自任为会长，旋与其他小党派合流，组织"立宪自由党"，与大隈重信所率领的"立宪改进党"并立，成为日本的两大政党。
立宪自由党的纲领有下列三条：一、保皇室之尊荣，期民权之扩张。
二、内治少干涉之政略，外交期对等之条约。
三、举代议政体之实，期政党内阁之成立。立宪自由党在第二年（1891年）的大阪会议，改称为"自由党"，并再推板垣为其总理。但在1896年4月，板垣脱离自由党，和第二次伊藤内阁提携，就任内务大臣的职位。因为当时日本尚没有政党内阁的先例，维新以来都是藩阀官僚否定政党的超然内阁，板垣身为政党的一员而加入内阁，必然引起官僚保守派的反对，故板垣任官时，同时宣布脱离自由党，以示其不偏不党以尽职责。
不久，伊藤内阁的外务大臣陆奥宗光因病辞职，而伊藤博文想任用立宪改进党的首领大隈重信为外相时，内相板垣认为要起用现内阁的反对党领袖为阁员是违反宪政的本义，而加以猛烈的反对，于是阁内意见的统一破坏，8月31日第二次伊藤内阁总辞职，板垣也回归自由党，再当自由党总理。
十三、日本最初的政党内阁
自从1890年开设帝国议会以来，自由党和改进党合并议席即可以控制议会的过半数，但是两党始终互相攻击，不肯相让，以致不能打倒藩阀官僚的专权。1898年6月10日，自由党和进步党第一次合作，在帝国议会否决政府提出的地租增征案，而面临议会解散的局面。这时板垣认为时机到来，即与进步党党魁大隈商谈妥协，将自由党和进步党二党结合，在6月22日组织"宪政党"，其联合决议书说："为期宪政之完成，有同一希望之党派相结合，组织一大政党，进一步努力以达其目的。"
这时，在政府拥有最高地位的伊藤博文，眼看政党政治是时代潮流，即向天皇推荐板垣和大隈二人组织宪政党内阁。这是日本有史以来的第一次政党内阁，由大隈任总理大臣兼外务大臣，板垣任内务大臣。
自由党和进步党的联合，只是夺取政权的一时妥协之策，当政以后两党即开始轧轹，产生内讧，终于瓦解分裂，自由党派另组"宪政党"，而进步党派自称"宪政本党"，于是日本最初的政党内阁，仅四个月即崩溃了。
藩阀官僚的实力派伊藤博文，曾经游学欧美考察宪政，并倾心起草明治宪法，制定内阁制度，枢密院、华族令等，故在帝国宪法发布后，认为日本已经是实行立宪政治的时期，而亲自计划藩阀的政党化，于1900年组织"政友会"，自任为总裁。板垣退助所率领的宪政党（即旧自由党），于是宣布解散，拥立伊藤为党魁，加入政友会，和官僚派合流。其后的日本的政党史，不再是民权派与官僚派抗争的历史，而是政党和官僚不断妥协的历史。旧自由党的实权也转移到星亨的手中，板垣于是从政界引退，从事社会运动，其后殁于1919年，享年83岁。
