因此，2001年起北九州市市政府开始举办一系列的说明会。但是抗议事件仍旧难以避免，很快便有市民群起支持。现在大家耳熟能详的“风险”观念，在当时理解者非常有限。加上当年对核子发电厂等可能造成污染的设施，无论中央政府还是地方政府都一再宣告“绝对安全”，但现在突然告知市民，“要说绝无风险是不可能的，我们就是为了避免这些风险，所以才必须将多氯联苯销毁”，所以不被市民理解，也是意料中的事。
另一个问题是学者的纸上谈兵。接受抗议市民邀请来演讲的，是一位二英专家。这位学者说，“多氯联苯倘若真的外泄，问题将一发不可收拾。周边居民除了撤离他地，根本没有其他的解决方法”。
在市民向市政府所提交的要求取消设厂计划的请愿书中引用了这段学者的话，政府单位负责人一度去电请教“此段发言的根据”，这位学者却回答：“我不过是论及大型油罐车在运送过程中万一发生翻覆导致多氯联苯外泄的后果。”可见这位所谓的专家，根本对市政府设想的运送方法一无所知。
结果当地记者竟也转载了这位学者对多氯联苯的论述，并且写道“多氯联苯对于位居食物链顶端的人类，尤其是成长中的胎儿影响极大，甚至有可能造成胎儿生殖异常，不容小觑”。紧接着其他学者也出现在反对设厂人士所举办的专题讨论会中，指称市政府这项处理工程形同在做“人体实验”。
这些学者的发言与记者的报道，当然“煽动”了部分反对设厂的市民。在我对这些市民的采访当中，有人便说：“如果真的发生意外，多氯联苯可能造成生物浓缩，北九州市很可能因此生出类似越战二英牺牲品的连体婴儿阮越和阮德。”市民误解的程度如此之深，我已无言以对。
之后，市政府的工作人员为了消除这些误解，至少增办了100场说明会，试图与市民当面沟通，最后经过会议讨论，才于2001年10月确定在当地设厂。
此后，为了将特殊法人合法化，环境事业团解散，改由日本环境安全事业公司承接，并于2004年开始正式营运。市政府内则设有监督委员会，建立由专家学者与一般市民共同参与的监督制度。
至此，设厂过程从未发生任何多氯联苯外泄之类的意外，直到2006年9月30日，仅发生过一起厂内部分天花板掉落的事件。
处理厂直到同年10月2日傍晚才将此事告知北九州市市政府，由于该公司擅自决定“隐瞒事故，不主动告知媒体”，还一度与市政府发生若干摩擦，市政府随即发布新闻稿。垣迫局长声明：“任何工程事业都可能因为惯性而大意。市政府方面会继续禀持资讯公开的原则严格监督，减少任何可能发生的风险。”
